Jan Zamoyski õppis [[Pariisi ülikool|Pariisi]] ja [[Padova ülikool]]is, kus loobus [[kalvinism]]ist ja hakkas [[katoliiklus|katoliiklaseks]]. PealePärast Poolasse naasmist määrati ta [[Zygmunt II August]]i sekretäriks.
Pärast [[Jagelloonid]]e dünastia lõppu [[1572]]. aastal kasutas ta oma mõjukust ning surus [[Valimisseim]]is läbi põhimõtte, et iga aadlik peab saama valida kuningat, samuti [[enamushääl]]te põhimõtte. Ta oli [[Mikołaj Sienicki]] ja [[Hieronim Ossolinski]] sõber ning temast sai peagi tähtsaim kesk- ja alamaadli eestkõneleja. Ta oli poliitilise liikumise ''[[Ruch egzekucyjny]]'' juht. Liikumise eesmärgiks oli säilitada [[šlahta]] rolli Poola-Leedu poliitikas ([[Kuldne vabadus]]) ning lõpetada [[magnaat]]ide-<nowiki/>poolne võimu kuritarvitamine. Liikumise järgijaid hakati Zamoyski järgi kutsuma ''zamojczycy''.
Zamosyki oponeeris magnaatidele, kes soovisid Poola trooni pakkuda [[Habsburgid]]ele. [[Poola 1573. aasta kuningavalimised|1573. aasta kuningavalimistel]] toetas ta [[Henri III|Prantsuse printsprintsi Henri Valois'd]] ning [[Poola 1575. aasta kuningavalimised|1575. aasta kuningavalimistel]] [[Stefan Batory]]t. [[1576]] sai temast Krooni kantsler, [[1578]] Krooni suurkantsler ning [[1581]]. aastal [[Krooni suurhetman]]. Batory valitsusajal sai temast üks võimsamaid ja rikkamaid magnaate riigis. Ta toetas kuninga poliitikat, mis vastandus Habsburgidele ja [[Osmanite riik|Osmanite riigile]] ning aitas tal suurendada kuninga võimu riigis. Zamoyski võttis osa ka [[Vene-Poola sõda (1562–1582)|Vene-Poola sõjast]] [[1579]]–[[1581]], vallutades [[Wielize]] ja [[Zavoloc]]i.
PealePärast Batory surma [[1586]]. aastal aitas Zamoyski troonile tõusta Rootsi printsprintsil [[Zygmunt III Waza|Sigismund]]il, kellest sai kuningas Zygmunt III Waza nime all. Suurhetman võitles ka kodusõjas, mis puhkes Sigismundi ja [[Austria ertshertsog]] [[Maximilian III (Austria ertshertsog)|Maximilian III]] vägede vahel. Zamoyski võitis Matthiase vägesid [[Bycyzna lahing]]us ning võttis ertshertsogi vangi, misjärel viimane pidi loobuma kõikidest nõudmistest Poola-Leedu troonile.
