Indrek Talpsep (sündinud 3. septembril 1984) on eesti keskkonnatehnoloog.

Ta on lõpetanud Tartu Ülikooli keskkonnatehnoloogina. Ta on uurinud bioaugmentatsiooni.

Ta töötab Eestimaa Looduse Fondis tehismärgalade ja harjureostuse eksperdina.