Naan võttis osa nö "[[Suur Isamaasõda|SuurestSaksa-Nõukogude Isamaasõjastsõjast]]". 1941. aasta juunis, esimestel päevadel pärast [[Kolmas Riik|Saksamaa]] kallaletungi [[Nõukogude Liit|Nõukogude Liidule]], jagati vanemate kursuste füüsikaüliõpilastele välja [[sõjakomissar]]i allkirjaga ettekirjutus, mis teatas, et nad ei kuulu [[mobilisatsioon]]i alla ja et neil on kategooriliselt keelatud astuda relvajõududesse vabatahtlikult, kuna neid plaanitakse suunata [[sõjaväeakadeemia]]tesse. Naan eiras keeldu. Kohe, kui formeeriti üliõpilastest üks paljudest partisanipataljonidest, läks Naan [[partisan]]iks.<ref name="err1230"/> Seal võitles ta Viktor Dorofejevi partisanisalgas, mis koosnes Leningradi Riikliku Ülikooli üliõpilastest ja kuulus Vassiljeostrovski rajooni 70. partisanipataljoni koosseisu<ref name="part"/>. Esimesed lahingud peeti maha vaenlase tagalas [[Leningradi oblast]]is [[Gattšina]]-[[Kingissepp|Kingissepa]] piirkonnas<ref name="err1230"/>. Pärast purukslöömist formeeriti nad Leningradis ümber ja toimetati üle [[Laadoga järv]]e vaenlase tagalasse<ref name="err1230"/>.
Naan sai haavata 1941. aasta oktoobris; teda raviti hospitalis, mis paiknes [[Tihvin]]is. Seal oli ta veel 6. novembril 1941 (kuulas raadiost [[Jossif Stalin|Stalin]]i kõnet, kes kinnitas, et mõne kuu, kõige rohkem aasta pärast fašistlik Saksamaa variseb kokku). Ülejärgmisel päeval olid linnas sakslased. Hospital jõuti evakueerida [[Vologda]]sse.<ref name="kultus"/>
