1937. aastal osutus Jaan Soots valituks ka [[Rahvuskogu]]sse ja 1938. aastal ka [[I Riigivolikogu]]sse.
Oli kuni vahistamise hetkeni üliaktiivne ühiskondlikus töös: [[Vabadussõja Ajaloo]] Komitee]] esimene esimees aastast 1926. Alates loomisest, s.o 1933. aastast, kuulus [[Reservohvitseride Kesksektsioon]]i (nimetatud tänapäeval mõnikord ka [[Tagavaraohvitseride Kesksektsioon]]iks); [[Eesti Maakrediitselts]]i järelevalve nõukogu esimees aastatel 1931–1934; kuulus [[Põllutöökoda|Põllutöökotta]] alates selle loomisest 1932. aastal ning oli selle teine esimees 5. aprillist 1932 kuni 3. juulini 1936. Oli [[Vabadusristi Vennad|Vabadusristi Vendade]] Viljandi osakonna esimees ning kuulus ka vabariiklikusse Keskjuhatusse (oli selle esimees alates 1935); kuulus ka [[Ühistegevuskoda|Ühistegevuskoja]] nõukokku (esimees alates 1937) ning osales [[Nimede Eestistamise Liit|Nimede Eestistamise Liidu]] töös. Kodumaakonnas Viljandimaal osales mainitule lisaks veel [[Kaitseliidu Sakala Maleva]] juhatuse töös ja oli [[Mulkide Selts Tallinnas]] esimees alates 1934. aastast. 1940. aasta märtsis valis [[Helme vallavolikogu]] ta [[Helme vald (1939)|Helme valla]] aukodanikuks.
Jaan Soots vahistati [[NKVD]] poolt 20. septembril 1940 Tallinnas Kreutzwaldi tänaval asunud linnakorteris (praeguse aadressiga Kreutzwaldi 11). 1941. aastal, pärast pikaajalist ülekuulamisprotsessi Tallinnas, veeti Venemaale, kus ta 6. veebruaril 1942 hukkus [[Ussolje laager|Ussolje laagris]].
