Kasutaja arutelu:Lanastassia/Alkaani hüdroksülaasid
Tänan Sind artikli õigeaegse esitamise eest! Maht on selgelt piisav, keeleliselt ei ole kõige hullem, aga kõike korraga ei jõua ka ära mainida. Struktuur tundub üsna mõistlik, ehkki mõnes lõigus kaob peamine point lausete vahele ära. Minu arusaamad on tihti piiratud sellega, et mu teadmised molekulaarprotsessidest on kesised, aga just sellise lugejaga sa peadki arvestama. Loe üle ja proovi mõelda selle peale.
Järgnevaid kommentaare lugedes tuleb silmas pidada, et vikipeediasse kirjutamise eesmärgiks ei ole päris tavaline tekst. Vikipeedia teksti ülesanne on edastada lugejale võimalikult kergelt informatsiooni, mistõttu tasub seal järgida entsüklopeedilist stiili. See tähendab eelkõige kompaktsust nii sisus kui väljenduses. Väldi keerulisi lauseehitusi, mis kuhjavad lugeja ette mõtteid, kui sama sisu võib edastada ehk ka ühe mõttega (komade arv on hea määr, mida jälgida). Ära toeta lauseid liigselt varasemale tekstile – enamasti saab lauseid moodustada nii, et nad on mõistetavad ka väljaspool konteksti. Samuti väldi nö. Cliffhanger’eid, kus tähtsaim sisu selgub alles lause või lõigu lõpuks. Entsüklopeediline tekst ei ole jutustus lõkke ümber ega detektiiviromaan. Püüa väljendada kompaktselt ja võimalikult lihtsalt.
Kompaktsus nõuab ka väljenduslikku täpsust. Ei ole mõtet jutuga keerutada ega väljendada umbmääraselt. Ähmaste või mitmetähenduslike sõnade kasutamine tekitab üldiselt probleeme lugejale, kes võib jutust valesti aru saada või on sunnitud lisaallikatega konsulteerima. Väldi hinnanguid (meie, kahjuks, tegelikult jne) ja esitle ainult allikates esinevaid väiteid ja fakte.
Vikipeedia puhul tuleb ka tähele panna lugejate laia kogukonda. Teksti peamine eesmärk on harida lugejat, kes teemast väga palju ei tea. Kui on võimalik kasutada omajuurelisi sõnu, siis tee seda, kuna need teevad teksti uuele huvilisele läbipaistvamaks. Väga suur roll on ka artikli ja artikliosade struktuuril, mis võivad muuta seoseid palju selgemaks või ajada ka juba lausetest leitud ivad segamini. Kirjutades mõtle, kuidas Sa edastaksid antud informatsiooni võõrale inimesele ning püüa ennast panna lugeja rolli.
Lugejale ligipääsetava teksti koostamine ei ole kerge, aga muutub lihtsamaks kogemuste ja teadlikkuse kasvamisel. Järgnevad kommentaarid on koostatud eelkõige eesmärgiga pakkuda võimalust nende küsimuste üle mõtelda ja enda teksti peal näha, kuidas see toimib. Kriitikale võib vastata ka küsimuse või vastusega ja lõplik artikkel on Sinu kirjutada, aga kursuse lõpuks on oluline täiendada vikipeediat ka kvaliteetse artikliga.
Alkaani hüdroksülaasid - ehk annab ainsusesse panna.
et Alkaani hüdroksülaas on mitmekülgne biokatalüsaator, mis viib läbi ...
Määratluse algus on väga hea ja tundub kirjeldavat mõiste juures just kõige tähtsamat. Paar lauset aga võiks juurde kirjutada, millest saab aimdust artikli sisu kohta. Samuti võiks osa lugejatest saada esimesest lõigust kätte kogu info, mida nad otsisid.
Selleks, et alkaane lagundada, on vaja alkaani molekul aktiveerida.
Alkaanide lagundamiseks on tarvis aktiveerida alkaani molekul. (Stiil on neutraalsem ja sobib eriti lõigu alguses paremini.
Sõltuvalt elektroni aktseptorist võivad Mikroorganismid seda teha kas aeroobsetes tingimustes või anaeroobsetes tingimustes,
kas ... või ; nii ... kui ka
Anaeroobsel aktiveerimisel on elektroni aktseptoriks kas nitraat, sulfaat, rauaioon või süsihappegaas.
Alkaanidel eristatakse nelja oksüdatsioonirada:
„ratta“ – „rajale“ ja nii igal pool
rasvahappe – rasvhappe?
terminaalsed – lisa vikipeedia viide
astmelisel – astmeliselt?
ms
ms muudetakse vastavaks ketooniks - millele vastavaks?
Lagundatava alkaani pikkusest sõltuvalt eristatakse kolme tüüpi ensüüme
- Gaasilisi alkaane (metaanist kuni butaanini) lagundavad ensüümid (metaani monooksügenaas, propaani monooksügenaas, butaani monooksügenaas)
- Vedelaid alkaane (pentaanist kuni heksadekaanini) lagunavad ensüümid (membraniseoselised alkaani hüdroksülaasid, tsütokroom P450 perekonna ensüümid)
- Ensüümid tahkeid alkaane (heksadekaanist pikemad ahelad) lagundamiseks (dioksügenaas, AlmA, LadA)
- Hea lihtne sõnastus on praegu, aga ainult selle loetelu kontekstis tasub ehk teistpidi.
Ehk: Ensüümid, mis lagundavad gaasilisi alkaane – jne.
Point selles, et loetled ju ensüüme. Nii saab kiiremini aru.
monooksügenas või monooksügenaas
tsütoplasmaatilised – tsütoplasmalised?
oksüdeerib alkaane pikkusega 1 kuni 8 süsiniku aatomini
oksüdeerib 1 kuni 8 süsinikuaatomi pikkuseid alkaane.
metani - kasuta järgmiseks versiooniks ka spellerit. Trükivigu ma enam ei maini.
1 kuni 5-ga -> sama, mis 1-8-ga. Ja ka hiljem, kui sobib.
Semikooloni asemel sobib punkt.
Summaarne reaktsioon, mida katalüüsib metaani monooksügenaas on järgmine:
Metaani monooksügenaasi katalüüsi summaarne reaktsioon on järgmine:
subühikut – alaühikut; igal pool.
valk, mille suurus on 9,4kDa – viimasel nime pole?
mis vahendab elektronide, mida ta saab NADH molekulilt, ülekannet alkaan
mis vahendab NADH-lt saadavate molekulide ülekannet
reduktaasi – reduktsiooni?
sügava hüdrofoobset tasku – sügava hüdrofoobse tasku
organisatsioon – paiknemine?
on uuritud alkaani lagundamise rada, mis on kodeeritud
- st kõikidest alkaani lagundamise radadest on kõige enam uuritud seda Gpo1 oma?
horisontaalselt ülekantud – mõiste, viita vikipeediasse.
Pealegi regulaatorid, mis kontrollivad alkaanide lagundamise geenide ekspressiooni mitte alati paiknevad vastava geenide lähestikku. Samuti juhul, kui tüves on mitu alkaani hüdroksülaasi kodeerivaid geene paiknevad nad ka eraldi ja selle peale asuvad nad kromosoomierinevates piirkondades.
Alkaanide lagundamise geenide ekspressiooni juhtivad regulaatorid ei paikne alati vastavate geenide lähedal. (Kui ma aru sain)
Kui bakteritüves on mitu alkaani hüdruksülaasi kodeerivat geeni, paiknevad nad eraldi ja lisaks tihti ka kromosoomi eri piirkondades. (Sellest lausest ma tegelikult ei saa aru.)
Tuleb tunnistada, et ma ei saa ka lõigust aru. Miks nad siis eraldi peavad olema ja mis on sellel pistmist horisontaalse ülekandega. Lõik on paiknemisest?
Äkki saad selgemalt lahti kirjutada.
Vaatamata sellele ei ole alkaanide olemasolu eelistatud substraadiks. – Ei saa aru.
Samuti, järgmine lause ei räägi: miks ei ole eelistatud.
vaid mitte tavalisi süsinikuallikaid – aga mitte tavalisi ...
Sellega onAlcanivorax borkumensis dominaantseks naftasaaduse mikroorganismiks. – Selle abil? Vabandust, ma ei saa aru.
Viimane lõik tundub väga huvitav, aga ma ei saa päris täpselt aru, millest ta räägib. Proovi üle lugeda, nõu küsida. Ma kahjuks ei oska sisu ka ära arvata.
Alkaanide lagundamise rajad on eriomaselt reguleeritud nii, et nendega seotud geene ekspreseeritakse ainult vastava alkaani olemasolul. – Väga huvitav, kas kõikides organismides?
Ehk on võimalik sissejuhatavas lõigus kirjeldada ka, mis on hüdroksülaasi eesmärk ja peamine tulemus nt elusolendites või ökosüsteemi suhtes. „Naftat söövad“ bakterid on väga huvitavad!
Loodan, et kommentaaridest on kasu. Kõige paremini saad teksti parandada ise tema üldistele funktsioonidele mõeldes. Edu korrektuuril! Anna teada, kui valmis. Siis vaatan uuesti üle.
PeeterT (arutelu) 14. oktoober 2013, kell 21:04 (EEST)
Tere!
Aitäh Teie nõuannete ja kommentaaride eest. Parandasin oma artikli.
Hea lugemist!
Lanastassia (arutelu) 16. oktoober 2013, kell 16:22 (EEST)
Parandan veidi veel keeleliselt:
ja naftareostuste puhastuses. - puhastamisel (peaaegu sama, aga nii on parem)
anaeroobne, aeroobne - lisa lingid vikipeediasse. Lisa üldiselt nii palju linke kui oskad ja vähegi pähe tuleb. Vaata, et viitaks õigele asjale ka (kui artikkel juba valmis on).
ratta, - mina eelistan "rajale", aga tee seda kõikjal - nii et on samamoodi. '
valgust . - punkt sõna järgi. st , - koma ka.
mille oksüdeerimise jõud varieerub alkaani molekuli pikkusest 10-st kuni 16 süsiniku aatomini
oksüdeerib alkaane pikkusega vahemikus 10 kuni 30 süsinikuaatomit
-hoopis: oksüdeerib 10 kuni 30 süsinikuaatomi pikkuseid alkaane. Proovi selliseks teha igal pool, kus on sama ühend.
Kõige paremini on uuritud alkaani lagundamise rada, !mis on! kodeeritud Pseudomonas putida Gpo1 OCT plasmiidi poolt.
ja selline rada oli horisontaalselt ülekantud paljudesse
oli -> on
Eksisteerivad ikkagi ka bakteriliigid, mis kasvavad ainult alkaanide lagundamise arvel. Neid nimetatakse süsivesinikklastilisteks bakteriteks.
Tekst on juba enam-vähem hästi loetav. Lisa kõigepealt nii palju viiteid eesti vikipeediasse kui oskad (artikkel ei pea olemas olema).
Praeguseid viiteid tuleb ka korrastada. Internetiviited tuleks veidi ümber kujundada, hea oleks kui sealt saaks välja lugeda dokumendi nime, veebilehe aadressi, loo autori kui ilmumisaja, kui võimalik. Kindlasti tuleb lisada, millal artiklit sai viimati kontrollitud. (Vaadatud 21.10.2013).
Hea mall on nt Rebecca J. Stratton, Ceri J. Green, Marinos Elia. [http://books.google.ee/books?id=Ro8IaMhVvtAC&pg=PA115&dq=starvation+organ+failure&hl=en&ei=CeQ8TZLfII2WsgP988G0Aw&sa=X&oi=book_result&ct=result&redir_esc=y#v=onepage&q=starvation%20organ%20failure&f=false ''Disease-Related Malnutrition: An Evidence-Based Approach to Treatment''] CABI Publishing, 2003. Lk 115.
Aga see sõltub materjalidest.
Kahjuks ei ole lubatud teiste keelte vikipeediasse (kuna samamoodi nagu eesti keeles, ei tohiks nad originaalmaterjale esitleda!). Püüa asendada venekeelse vikipeedia viited täpsemalt artiklite/uudiste viidetega, millele seal artikli sees on viidatud.
See ei tohiks enam väga raske olla. Artikkel on peaaegu valmis. Anna teada kui viimased parandused ja ettepanekud on sisse viidud. Edu!
PeeterT (arutelu) 21. oktoober 2013, kell 23:51 (EEST)
Tere!
Aitäh! Kõik on tehtud.
Hea lugemist.
Lanastassia (arutelu) 22. oktoober 2013, kell 20:01 (EEST)
Saada mulle ikka kiri ka kui täiendad.
Valem: originaalis on ju see + teises funktsioonis. kopeeri sealt lähtekood, saad teisedki asjad sellega korda.
Mõõtühikud: 47kDa - kirjuta lahku. Nii: 47kDa. Igal pool (ainult 30% kirjutatakse kokku).
Viited, päris ära kustutamine pole ka lahendus. Erinevates vikipeediates on küll erinevad hindamisalused, aga äkki on võimalik siiski algallikas leida? Viimase puhul, ma sain aru, et oli leitav.
Kopeerin veelkord: Internetiviited tuleks veidi ümber kujundada, hea oleks kui sealt saaks välja lugeda dokumendi nime, veebilehe aadressi, loo autori kui ilmumisaja, kui võimalik. Kindlasti tuleb lisada, millal artiklit sai viimati kontrollitud. (Vaadatud 21.10.2013).
See info on vajalik selleks, et allikas üles leida ka siis kui URL muutub.
Ütle kui tehtud. Parimat!
176.46.65.243 30. oktoober 2013, kell 18:32 (EET)
Tere!
Kõik on tehtud. Kontrollige palun. Ootan Teie vastust.
Lanastassia (arutelu) 31. oktoober 2013, kell 10:32 (EEST)
Viidetega on nüüd hea. Kopeerisin terve valemi algallikast ise.
Veidi veel kosmeetiliselt
alguses:
Alkaani pikkusest sõltuvalt eristatakse kolme tüüpi ensüüme.
->
Lagundatava alkaani pikkuse alusel eristatakse kolme tüüpi ensüüme.
Lagundatava alkaani pikkusest sõltuvalt - ka pikkuse alusel.
järgnevas nimekirjas võiks ehk ka lisada pikkuse
(metaanist kuni butaanini) - (need on nimetused, mitte pikkused, pikkused võiks lisada, annab ka lugejale, kes ei tea asjast midagi arusaamise skaalast. Seda enam, et pärast on pikkustest juttu läbivalt.
Praegu on järjekord sissejuhatavas lõigus vastupidi artikli omale. Ehk muudad ühe neist?
CYP153 tsütokroomi on leitud bakterites
(CYP52 tsütokroomi on leitud pärmis (kas pärmi on mitu liiki?)
Kui see kõik on ära parandatud, on artikkel valmis ja võid vikipeediasse asetada. Anna teada kui selleni jõuad. Ülekandmisel jäta artikli praegusele lehele link uuele asukohale, nagu teised on teinud (vt ka eelmisi aastaid).
PeeterT (arutelu) 3. november 2013, kell 13:27 (EET)
Tere!
On valmis.