==Tunnustus==
* 1997 – Tartu Ülikooli arstiteaduskonna medal (väga silmapaistva õppe- ja teadustöö eest)
* 1998 – [[Eesti Vabariigi teaduspreemia]] meditsiini alal
* 1999 – Eesti Vabariigi innovatsiooni peapreemia
* 2002 – [[Eesti Punase Risti teenetemärk|Eesti Punase Risti III klassi teenetemärk]]<ref>{{EVkavaler|1551}}</ref>
* 2005 – Tehnoloogiapreemia: parim Tartu ülikoolide leiutis (piimhappebakter ME-3)
* 2006 – [[Eesti Kultuurkapitali kehakultuuri ja spordi aastapreemia]] (pühendunud töö eest Eesti tippsportlaste sportliku võimekuse tõstmisel)
* 2009 – Kuldmedal (Korea International Women’s Invention Exposition)
* 2010 – Soome riigi kvaliteediinnovatsiooni peapreemia
* 2011 – Tartu Ülikooli Medicina valdkonna parim õppejõud
* 2011, 2012, 2014, 2020, 2022 – [[Eesti Kardioloogide Selts]]i teaduspreemia
* 2013 – [[Eesti Vabariigi teaduspreemia]] arstiteaduse valdkonnas
* 2013 [[Tartu Ülikooli suur medal]]<ref>{{Netiviide|url=https://ut.ee/et/sisu/tartu-ulikooli-suur-medal|pealkiri=Tartu Ülikooli suure medali kavalerid|väljaanne=Tartu Ülikool|vaadatud=9.12.2022}}</ref>
* 2013 – [[Tartu Ülikooli suur medal]]
* 2016 – HITSA innovatsioonikeskuse vabariiklikul konkursil anti kursusele "Biokeemia" e-kursuse kvaliteedimärk 2016
* 2018 – [[Eesti teaduse populariseerimise auhind]] (elutöö eest)<ref>[https://novaator.err.ee/878785/eesti-teaduse-populariseerimise-elutoopreemia-palvis-mihkel-zilmer "Eesti teaduse populariseerimise elutööpreemia pälvis Mihkel Zilmer"] ERR Novaator, 21. november 2018.</ref>
* 2018 [[Tartu Ülikooli aumärk]]<ref>{{Netiviide|url=https://ut.ee/et/sisu/tartu-ulikooli-aumark|pealkiri=Tartu Ülikooli aumärgi kavalerid|väljaanne=Tartu Ülikool|vaadatud=9.12.2022}}</ref>
* 2020 – [[Tartu linna aukodanik]] ja [[Tartu Suurtäht|Tartu Suurtähe]] kavaler
* 2020 – [[Eesti Rukki Selts]]i [[Rukkiräägu kultuuriauhind]] "Eesti toitumiskultuuri edendaja"
== Isiklikku ==
|