Kahepaiksete [[Skelett|skeletis]] on, võrreldes nende eellastega, seoses maismaa-eluviisiga suuri muudatusi. Täielikult on eristunud [[õlavööde]] ja [[vaagnavööde]], samuti on välja kujunenuskujunenud jäsemete luud. Jäsemete luud jagunevad õlavarreluudeks (eesjäsemel [[õlavarreluu]], tagajäsemel [[reieluu]]), küünarvarre (ees- [[Kodarluu|kodar-]] ja [[küünarluu]], taga- [[Sääreluu|sääre-]] ja [[pindluu]], sageli kokku kasvanud), [[randmeluu]]deks (enamasti 9 tükki), [[kämblaluud]]eks (enamasti 5 tükki) ja [[varbaluud]]eks. Vaagnavöötmes asuvad kolm luud – paarilised [[niudeluu]]d ja [[päraluu]]d ning [[sülekõhr]]. Õlavöötme toes on suures osas [[Kõhrkude|kõhreline]] ja eri seltsidel erineva ehitusega. [[Roided]] on taandarenenud. [[Kolju]] on suhteliselt lame, suurte [[silmakoobas]]tega, ühe või kahe [[Kuklapõnt|kuklapõnda]] varal selgrooga ühendatud. Kolju ehituses on eri rühmadel samuti palju erinevisierinevusi. Olulisimad kolju osad on [[palatokvadraatkõhr]], [[tiibluu]], [[ees-ülalõualuu]], [[ülalõualuu]], [[nurgaluu]], [[soomusluu]], [[sahkluu]], [[eeskõrvaluu]], [[küljekuklaluu]], [[kuklaluu]] ja [[laubaluu]].
Kahepaiksete [[lihaskond]] sarnaneb juba üldjoontes kõrgemate maismaaselgroogsete omaga. Kadunud on [[lõpusekaar]]te juurde kuulunud lihased. Tekkinud on keeruline jäsemete lihastik (suurimad lihased on [[deltalihas]], [[hüppelihas]]ed). Selja lihastiku moodustab alamatel kahepaiksetel üks suur [[kere-seljalihas]], mis kõrgematel vormidel omakorda mitmeks jaguneb. Kõhu lihastik jaguneb kolmeks erisuunaliseks kihiks.
