RNA polümeraas: erinevus redaktsioonide vahel
Eemaldatud sisu Lisatud sisu
26. rida:
===Prokarüoodid===
====Bakterid====
----
E.coli RNA polümeraas koosneb viiest subühikust – α1, α2, β, β’ ja ω. Molekulmass ca 480 kDa. Lisaks on oluline sigmafaktor ehk σ-faktor, mida võib lugeda ainsaks bakteriaalseks transkriptsioonifaktoriks. σ-faktor vahendab promootori ja RNA polümeraasi vahelist spetsiifilist seondumist ning on vajalik transkriptsiooni initsiatsiooniks. σ-faktor ei ole tugevalt polümeraasiga seotud ning ei ole vajalik ensüümi katalüütilise aktiivsuse jaoks. σ-faktori peamiseks ülesandeks on identifitseerida transkriptsiooni initsiatsiooni alguspunkt, peale initsiatsiooni σ-faktor dissotsieerub.
Prokarüootidel on geenid koondunud operonideks, mistõttu transkribeeritakse ühe üksusena mitu geeni. Sellist operonilt sünteesitud RNA-molekuli nimetatakse polütsistroonseks RNA-ks.
=====Transkriptsioon=====
----
======Initsiatsioon======
Promootor on see DNA järjestus, millele RNA polümeraas seondub ning initsieerib geeni transkriptsiooni. Mitmete geenide promootorjärjestuses on defineeritud kuuenukleotiidilised konsensuselemendid, mis paiknevad transkriptsiooni startsaidist positsioonides -10 ja -35. RNA polümeraas võtab promootoriga seondudes enda alla ligi 60 nukleotiidi pikkuse ala, kusjuures σ-faktor seondub spetsiifiliselt -35 ja -10 regioonidega. σ-faktori puudumisel seondub RNA polümeraas promootoriga ebaspetsiifiliselt ja madala afiinsusega. Leidub erinevaid σ-faktoreid, mis tunnevad ära teatud tüüpi promootoreid. Näiteks σ70 on E.colis ekspresseeritud pidevalt ning selle ülesandeks on koduhoidjate geenide (''housekeeping genes'') promootorite äratundmine; σ32 vastutab ''heat-shock''-geenide promootorite äratundmise eest.
Polümeraasi seondumist promootoriga nimetatakse suletud kompleksiks, kuna DNA lahtikeerdumist toimunud ei ole. Polümeraas avab DNA kaksikheeliksi 15 lämmastikaluse ulatuses ning moodustub avatud kompleks. Pärast esimeste nukleotiidide ühinemist ja RNA-ahela pikenemist umbes 10 nukleotiidi võrra, vabaneb σ¬-faktor polümeraasi küljest.
======Elongatsioon======
Elongatsiooni käigus liigub RNA polümeraas mööda DNA-d. Polümeraasi ees toimub DNA lahtikeerdumine ning ensüümi taga keerdub DNA-ahel tagasi kokku. Tekkivat struktuuri nimetatakse transkriptsioonimulliks. RNA ja DNA vaheline paardumisala on kuni 3 nukleotiidipaari.
======Terminatsioon======
Tranksriptsiooni terminatsioon toimub siis, kui RNA polümeraas kohtab terminatsioonisignaali. E.coli’l esineb kaht tüüpi terminatsiooni:
*Rho-sõltuv terminatsioon (nt rRNA sünteesi puhul). Terminaatorjärjestus on GC-rikas piirkond. RNA transkripti C-rikka alaga seondub Rho-valk. Liigub mööda RNA-ahelat 5’3’ suunas. Rho-valk jõuab järele polümeraasile ja tõukab transkriptsioonikompleksist välja sünteesitud RNA.
*Rho-sõltumatu terminatsioon. Terminatsioonijärjestus on inverteeritud GC-rikas piirkond. Transkriptsioonijärgselt paarduvad inverteeritud järjestused moodustades juuksenõela struktuuri, mis takistab RNA polümeraasi liikumist DNA-l ja toimub transkriptsiooni terminatsioon.
====Arhed====
Arhed moodustavad eubakterite ja eukarüootide kõrval kolmanda eluslooduse domeeni. Arhed on tsütoloogiliselt ja morfoloogiliselt sarnased bakteritega, kuid molekulaarsete kriteeriumite (DNA järjestuste võrdlus, rRNA geenid jne) alusel on nähtud arhede ja eukarüootide põlvnemist ühisest eellasest. Arhede transkriptsiooni uurimisel on leitud sarnasusi nii eukarüootide kui ka bakteritega. Basaalne transkriptsiooniaparaat, mis koosneb RNA polümeraasist ja basaalsetest transkriptsioonifaktoritest (GTF, general transcirption factors) sarnaneb eukarüootidega, kuid regulaatorvalgud, aktivaatorid ja repressorid, on pigem lähedased bakteriaalsetele faktoritele.
| |||