Mõigu kindlus eraldati [[1670. aastad|1670. aastatel]] [[Rae mõis]]a põhjapoolsetest aladest.
Mõisa keskus paiknes Rootsi ajal hilisemast umbes kilomeeter lõuna pool, hilisema Järveküla küla aladel.
Ilmselt [[18. sajand]]i keskel viidi mõisakeskus praegusesse asupaika. Sajandi lõpus kinkis [[Katariina II]] mõisa [[Tallinna toomkogudus]]ele. Mõis muutus sisuliselt toomkoguduse kirikumõisaks, millisena ta toimis kuni [[20. sajand]]i alguseni.
[[1770. aastad|1770. aastatel]] rajati Mõigu mõisa Tallinna linna poolsesse otsa toomkoguduse [[Mõigu kalmistu|kalmistu]].
