Iseseisvat majandustegevust alustati 1. jaanuarist 1999. Esialgu kuulusid kõik aktsiad Aktsiaseltsile Eesti Raudtee. Kõik Elektriraudtee AS aktsiad läksid üle Eesti Vabariigile 15. novembril 2000.
Kasutatakse [[Stadler FLIRT]] elektri- ja diiselronge.
Alates 2014. aasta 1. jaanuarist hakkas Eesti Liinirongid AS teenindama kõiki Eesti-siseseid reisirongiliine ning seoses sellega otsustas ettevõte muuta ka oma nime. Oktoobrist 2013 sai Elektriraudtee uueks nimeks Eesti Liinirongid. Sellest tulenevalt lõpetas [[Edelaraudtee|AS Edelaraudtee]] 2014. aastastaasta algusest tegevuse.