Koonga mõis oli keskajal tähtis administratiiv- ja majanduskeskus. Siinsele [[Saare-Lääne piiskopkond|Saare-Lääne piiskopkonna]] administraatorile allus laialdane ala kuni Tõstamaani. 18. sajandist läks mõis riigile.
Koonga mõisamaja arvatakse pärinevat 1636. aastast. Sellesse aega on dateeritavad ühekorruselise kivihoone laiade servjoonvõlvidega keldriruumid, kuna maapealne osa ehitati aastail 1935-36 Pärnu arhitekti E. Wolfeldti projekti järgi ümber, mil hoone oli kasutusel koolimajana.
Arhitekt säilitas maja barokliku raskepärasuse ning kõrge kelpkatuse, lisaks vormiks portikuse ja kujundas rokokoolikes vormides välisuksed. Samal ajal ehitati endine mõisa puutöötuba ümber kahekorruseliseks internaadiks koolile. 1973. a. valmis samas naabruses uus koolihoone.
Mõisa endisest valitsejamajast üle tee on saanud kauplus, kaugemal teeristil asuv sulastemaja on aga kohandatud kortriteks.
