Vesiniku aatomidaatomeid ammooniumi ioonides saab asendada [[alküülrühm|alküülrühmaga]] või mõne muu orgaanilise rühmaga moodustades asendatud ammooniumi iooni. Olenevalt lisatud orgaaniliste rühmade arvust kutsutakse saadud ühendit primaarseks, sekundaarseks, tertsiaarseks või kvaternaarseks. Lisatud orgaaniliste ühenditega ammooniumi ühendid on nõrgad happed. Erandiks on kvaternaarsed ammooniumi katioonid.
Näide ammooniumi iooni moodustavast reaktsioonist. Reageerivad [[dimetüülamiin]] (CH<sub>3</sub>)<sub>2</sub>NH ja hape, et saada katioon (CH<sub>3</sub>)<sub>2</sub>NH{{su|b=2|p=+}}.
