Esimesed teated Vaimõisa mõisast pärinevad [[1494]]. aastast. Sel ajal [[Farensbach]]idele kuulunud mõisa keskuseks oli tõenäoliselt [[vasallilinnus]]. Veel praegu viitavad suhteliselt varastele ehitusetappidele härrastemajahärrastemajas tolleaegseteleomaaegsetele vasallilinnustele omane ruumijaotus ning osaliselt esimesel korrusel osaliselt säilinud arhailine võlvidesüsteem.
[[17. sajand]]ili alguses läks Vaimõisa koos [[Päädeva mõis|Päädeva]] ja [[Kõrvetaguse mõis]]aga [[Flemming]]idele. Põhjasõja järel oli mõis panditud Bohnsack'idele, kuid alates [[18. sajand1724]]il oli mõis pikalt [[Wetter-Rosenthal]]ide omanduses. 18. sajandi lõpus kuulus mõis lühiajaliselt ka [[Nasackin]]itele ja [[Baranoff]]idele.[[1802]]. aastal omandasid mõisa Wilckenid., kelle käes oli mõis kuni [[1891]] [[1919]]. aastal võõrandati mõis eestlastest omanikelt Johaness Kiverilt ning Peter Shashulinilt.
Pärast [[Vabadussõda]] jäid mõisasüdame maad ja hooned Kängseppadele, kelle valdusse jäid mõisahoone ja 50-hektariline talu kuni 1920. aastate lõpuni. 1930. aastate alguses[[1933]] sai Vaimõisa omanikuks Peeter Oha, kes suurendas mõisa maad 120 hektarini. Mõis oli tema käes kuni [[1940]]. aasta juunipöördeni. Peeter Oha küüditati [[Siber]]isse, kuid tema noor abikaasa jäi Eestisse ning lahkus [[1944]] Läände. Pärast sõja lõppu [[1945]]. aastal läksid mõisa hooned ja maad [[Vaimõisa põhikool]]ile ning kolhoosile. Kool töötas peahoones kuni 1970. aastate alguseni, mil see suleti. 1990. aastate alguses tagastati mõis Peeter Oha seaduslikele pärijatele. Mõis on eravalduses.
