Apja järved asuvad Valga maakonnas Valga vallas, jäädes Karula rahvuspargi territooriumile. Need on Suur-Apja järv ehk Koobassaare järv ja Väiku-Apja järv; mõlemad järved on miksotroofsed.

Apja järved orienteerumiskaardil

Järvedes leidub mitmeid haruldasi plankteri liike.