Religioosses mõttes on Jaapan unikaalne. Pole teist maad maailmas, kus oleks selline usundite sümbioos ja läbipõimumine. Sellel fenomenil on pikk ja keeruline ajalugu, peamine osa shintōl ja budismil, see­juu­res budism oma mahajaana kohalikus variandis, mis käsitleb Buddhat jumalusena (jumalustamine). Eri aegadel on mõju avaldanud ka tei­sed usundid: taoism, kristlus (katoliiklik variant) ja konfutsismi filosoofia. Praegu on kõik koos, lisaks pal­ju uususundeid. Enamus jaapanlasi on nii šintoistid kui budistid. Piltlikult: jaapanlane sünnib shin­to­is­tina ja sureb budistina. Jaapani originaalne usund on shintō, mis on looduslik animistlik. Teadlased pole üksmeelel, kas alg­selt oli shintō looduse kummardamine või ka esivanemate kultus, mis võis ka hiljem lisanduda. Mõned on avaldanud kahtlust, kas shintō on üldse usund, sest:

  • ajaloolised lätted on ebamäärase
  • puudub eetiliste normide ja doktriinide fikseeritud süsteem
  • pole ametlikult tunnustatud pühakirja

Arvatakse, et shintōt tuleb käsitleda kui kogumikku välismaiseid uskumusi, traditsioonilist mõttelaadi ja iga­päevaseid tavasid. On tunnustatud usund, teoreetilises plaanis subjektilt kogukondlik, jumalate ar­vu­ku­selt polüteistlik ning jumala ja inimese suhete kohalt theoantropiidne. Shintōt nimetatakse puhtaks või va­ra­­jaseks shintōks kuni budismi sissetungini. Jaapanlased pidasid end siis kosmose integreeritud elus­olen­di­te kogukonna osaks, on 3 dimensiooni:

Varajase shintō perioodil polnud kindlaks määratud avalikku teenistust, kiriklikku organisatsiooni, mida on püütud luua 10. ja 19. sajandil, kuid mis lõppesid ebaõnnestunult.

Regionaalsega paralleelselt ek­sis­teeris kommunaalne kami, igal Ujil oma kami. 3-4 sajandil hakati püstitama neile templeid. Peale kait­se­­jumalate austati maastiku või loodusega seotud jumalusi, nt mis seoses tuule, mäega vms. Shintō jumalus on säilinud tänani, ta koondnimi on müriaad, kus arvatakse olevat umbes 8 miljonit kamit. Rii­gi­võimu suurenedes tuli esile Amaterasumahajaana budism , samal ajal tulid Jaapanisse uued õpetused – 5. sajandil konfutsianism ja 6. sajandil taoism, mille levik oli tagasihoidlik. Konfutsianismil on suur roll shin­toistliku eetika kujunemisel – mütoloogia kujunemine Pan-Jaapani mütoloogiaks. Kamid kujunesid üld­­tunnustatud jumalateks, shintō templid said riiklikke annetusi, mis püsis 13. sajandini. Siis taastati see Meiji reformide ajastul ja püsis kuni Teise maailmasõja lõpuni. Konfutsianism aitas Jaapanis kinnistada keis­rikultust. Ta tulek Jaapanisse ei pakkunud shintōle erilisi probleeme, kuid konfutsianismi kaudu hak­kas Jaapanis levima Hiina kultuur – Jaapani kontaktid Hiinaga meie ajaarvamise algul, Korea kau­du Hiina mõjud Jaapanisse. Emigrandid jäid sageli Jaapanisse elama, said oma ühiskondliku positsiooni – neid nimetati kodakondsuse saanuteks. 5. sajandi lõpul nimetas keiser Ōjin konfutsiaanlikud õpetlased Ko­reast oma laste õpetajateks.