Tondisaarel pesitsevad [[jõgitiir]]ud, [[naerukajakas|naeru-]], [[kalakajakas|kala-]] ja [[hõbekajakas]] ning [[tuttvart]]. Pesitsemas on nähtud ka [[SinikaelpartSinikael-part|sinikael-]] ja [[Luitsnokpart|luitsnokk-partipart]]i, [[jääkosklaJääkosklane|jääkosklat]]t, [[rägapart]]i ja [[tuttpütt]]i. Tondisaar on ainuke sisemaal asuv koht, kus alates 1990. aastate keskpaigast pesitsevad [[kormoran]]id. 2004. aasta aprillis loendati puude otsas 25 kormoranipesa, millest osa võisid olla maha jäetud.
