Ta lõpetas [[1985]]. aastal [[Viljandi 4. Keskkool]]i.
Ene Salumäe ema [[Anne-Mai Salumäe]] on koorijuht ja ta kaasas tütart juba varases lapsepõlves kooride tegevusse lauljana, kuid peagi ka kontsertmeistri ja orelisaatjana. Ene Salumäe isa [[Ivar-Jaak Salumäe]] õpetas tütre orelit mängima. 6-aastaselt alustas Ene viiuliõpingud [[Kuressaare muusikakoolMuusikakool|Kuressaare muusikakoolisMuusikakoolis]] (õp [[Laine Kaljo-Sepp]]). Viiuliõpingud jätkusid [[Viljandi Muusikakool|Viljandi Lastemuusikakoolis]] (õp Olav Salu). Ta lõpetas muusikakooli nii viiuli (1981) kui ka klaveri erialal (1985, õp [[Aili Laasalu-Lee]]). Vanemate improvisatsiooni ja heliloominguga tegelemine süvendas varakult ka Ene huvi kompositsiooni ja improvisatsiooni vastu. Kooliaja olulisteks õpetajateks ja muusikalisteks suunajateks olid [[Kalle Tamra]] heliloomingus, [[Tõnu Sepp]] ja [[Viljandi Linnakapell]] [[Vanamuusika|vanamuusikas]], [[Imbi Tarum]] klavessiinimängus, oreli- ja improvisatsiooniõpetaja [[Hugo Lepnurm]] ning konservatooriumiks ettevalmistamisel muusikateoreetiliste ainete ja koorijuhtimise alal [[Maie Tamra]].
1990. aastal lõpetas Ene Salumäe [[Eesti Muusika- ja Teatriakadeemia]] koorijuhtimise erialal (prof [[Ants Üleoja]]) ja oreli lisaerialal (prof [[Hugo Lepnurm]]).
