Peale sõda kasutati raudteed peamiselt sõjaväebaaside teenindamiseks (mõned kilomeetrid enne sadamat rajati harutee [[Kiltsi lennuväli|Kiltsi lennubaasi]] teenindamisekstehnohoolduspataljonile) ning Haapsalu linna piiril asuva jõusöödatehase ja küttekontori varustamiseks.<ref>[https://www.google.com/maps/d/viewer?mid=16A3MYyfo8WBgR166QjKVLoGXYL8&shorturl=1&ll=58.932856317201676%2C23.51633514262695&z=15 Haapsalu raudteed - Google maps]</ref> Seoses Rohuküla sadamasilla põlenguga pärast Teist maailmasõda<ref>[http://www.saarteliinid.ee/ports/rohukyla/?articleID=142 Rohuküla sadama ajalugu]; Saarte Liinid</ref> vähenes ka [[Rohuküla sadam|sadam]]asse väljasõitnud rongide osakaal. Rohuküla sadamaharu suleti lõplikult ilmselt 1970. aastate algul ja kasutusse jäi seejärel üksnes sõjaväebaasini kulgenud teeosa. Viimased veod toimusid Rohuküla suunalisel raudteel tõenäoliselt [[1993]]. aastal, kui sõjaväebaasist toimetati Haapsalu jaama äraviimiseks Venemaa sõjatehnikat.<ref name="Raudteemuuseum" />
Pärast võõrvägede lahkumist jäi raudtee seisma ja langes kiiresti metallivaraste rüüste objektiks. [[1995]]. aasta lõpuks oli raudtee suures osas üles võetud ja teetamm võsastunud.<ref name="Postimees" />
