Aastatel [[1990]]–[[1992]] oli Jaak Allik [[Eesti Vabariigi Ülemnõukogu]] liige.<ref name=":0" />
[[1995. aasta Riigikogu valimised|1995. aasta Riigikogu valimistel]] valiti Jaak Allik [[Eesti Koonderakond|Eesti ja Maarahva Ühendus|Koonderakonna ja Maarahva Ühenduse]] nimekirjas [[VIII Riigikogu]] liikmeks. 17. aprillil 1995 asus ta aga tööle ministrina [[Tiit Vähi teine valitsus|Tiit Vähi teises valitsuses]]. Ta jätkas samal ametikohal ka [[Tiit Vähi kolmas valitsus|Tiit Vähi kolmandas valitsuses]]. Kui 1. jaanuaril 1996 kultuuri- ja haridusministeerium lahutati, sai Jaak Allikust [[Eesti kultuuriminister|kultuuriminister]]. Eesti kultuuriminister oli ta ka [[Mart Siimanni valitsus|Mart Siimanni valitsuses]], st kuni 1999. aastani.<ref>[https://www.valitsus.ee/peaminister-ministrid/varasemad-valitsused#vabariigi-valitsuse---11 Varasemad valitsused.] Vabariigi Valitsuse veebisait.</ref>
Aastatel 1999–2001 oli Jaak Allik Viljandi abilinnapea.<ref name=":0" />
