Reformatsioonini allus [[toomkapiitel]] ainult piiskopile ja mitte linna [[Raad|raele]], alates [[reformatsioon]]ist kuni 1803. aastani oli kirik linna ja toomkapiitli ühisvalduses ja pärast toomkapiitli laialisaatmist kuulus ainult linnale. Lüübeki toomkloostri hoonetest sai 19. sajandi lõpul Lüübeki toommuuseum.
28.–29. märtsil palmipuudepühal[[palmipuudepüha]]l [[1942]]. aastal pommitasid liitlaste õhuväed rusudeks viiendiku linnast ja kiriku lähedale langenud pommide tõttu varises kooriruumi idapoolne võlv ning hävis 1696. aastast pärit altar. Toommuuseumist alguse saanud tulekahju levis kiriku puitsõrestikuni ja pühapäeva keskpäeval varisesid tornid. [[Arp SchnitgeriSchnitger]]i ehitataudehitatud orel hävis tules, kuid tulekahjust pääses palju kiriku sisustust, sealhulgas triumfirist, [[koorivõre]] ja rida keskaegseid tiibaltareid[[tiibaltar]]eid. 1946. aastal varises põhjapoolse transeptiharu[[transept]]iharu [[Viil (arhitektuur)|viil]] ja purustas peaaegu täielikult põhjaeeskoja.
Katedraali taastati aastakümneid, tööd lõpetatailõpetati alles 1982. aastal.
2002. aastal tehti ettepanek uurida Arp SchnitgerSchnitgeri oreli taastamise võimalust. Otsustati, et rekonstruktsioon on võimalik, kuid selle alsutamist pole otsustatud.
