EametaEamets alustas tööd Tartu Riiklikus Ülikoolis [[1987]]. aasta septembris poliitilise [[Majandusteadus|ökonoomia]] kateedri stažöör-uurijana. Aastatel [[1990]]-[[1993]] töötas Eamets [[Tartu]] [[Maavalitsus]]<nowiki/>e arengu osakonnas, hiljem [[Arenduskeskus]]<nowiki/>es. Samal ajal töötas ta [[Tartu Ülikool]]<nowiki/>is osakoormusega assistendina. [[1993]]-[[1995]] aastal oli ta TÜ majandusteaduskonna majandusteooria õppetooli assistent. 1995-[[2001]] aastal töötas ta TÜ majandusteaduskonna majandusteooria õppetooli [[lektor]]<nowiki/>ina. Aastatel [[2001]]-[[2005]] oli Eamets TÜ majandusteaduskonna majandusteooria õppetooli [[dotsent]]. [[2005]] aastal sai temast TÜ majandusteaduskonna [[makroökonoomika]] [[professor]]. Samal aastal oli ta ka TÜ majandusteaduskonna rahvamajanduse instituudi juhataja kuni [[2014]] aastani. Aastatel [[2014]]-[[2015]] oli ta TÜ majandusteaduskonna [[dekaan]]. 2016. aasta jaanuaris valiti Eamets TÜ Sotsiaalteaduste valdkonna dekaaniks. [[2016]]. aastast alates on ta ka TÜ Rektoraadi liige.
