Jaan Kärneri isa oli Kaarel Kärner ja ema Liis Kärner. Jaan Kärneri vend [[Johannes Kärner]] (26.05.1896-1896–?) oli Tartu kiviraidur, kes muuhulgas teostas ka ehitustööd [[Tartu Pauluse kalmistu]]l 1934. aastal avatud Vabadussõja monumendi ja Reola Vabadussõja mälestussamba tarbeks. Tal oli viis õde -– Anna Marie Kärner (21.03.1883-1883–?), Emilie Soonpalu (03.08.1884-1884–?), Ida Pauline Kärner (23.12.1888-1888–?), Alma Leppik (03.06.1893-1893–?) ja Minna Kärner (13.03.1898-1898–?) -– ning kaks poolvenda -– Aleksander Kärner (05.08.1886-1886–?) ja August Kärner (21.02.1869-1869–?). Jaan Kärner oli 1914-171914–17 abielus Ida Kärneriga (neiupõlvenimi Kull, 19.08.1889-151889–15.05.1917; poeg Ülo Kärner, 23.10.1915-411915–41) ning 1919. aastast Hilda Anna Luise Kärneriga (neiupõlvenimi Luberg, 16.12.1898-011898–01.12.1973; tütred Eha Tammemägi, ''ca'' 1919-19761919–1976, ja Elo Sillamaa, 06.05.1925-211925–21.11.1991)
