Transkriptsioon (geneetika): erinevus redaktsioonide vahel

Eemaldatud sisu Lisatud sisu
P pisitoimetamine
PResümee puudub
15. rida:
|}<ref name="XlzHC" />
 
Transkriptsiooni võib lahti seletadakäsitleda 4 või 5 sammugaetapina.
 
# Helikaasse aktiivsusega piirkonda sisaldav RNA polümeraas harutab lahti DNA, lõhkudes komplementaarsete nukleotiidide vahel olevad vesiniksidemed;
21. rida:
# RNA polümeraasi abiga tekib RNA suhkur-fosfaatkarkass;
# Lahtiharutatud RNA+DNA heeliksite vahel olevad vesiniksidemed katkevad, vabastades uue sünteesitud RNA ahela;
# Kui rakul on tuum, töödeldakse RNA-d veel edasi (3' otsa lisatakse polü-A saba ja 5' otsa lisatakse cap-struktuur), pärast midamisjärel väljub RNA läbi tuumapooride kompleksi [[tsütoplasma]]sse.
 
Transkriptsioon on esimene sammetapp, mis on geenide avaldumise peamiseks regulatsiooni tasemeks. DNA osa, mida transkribeeritakse RNA molekuliks, nimetatakse transkriptsiooni ühikuks ja see kodeerib vähemalt ühte geeni. Kui geen, mida transkribeeritakse, kodeerib valku, on transkriptsiooni tulemuseks [[informatsiooni-RNA]] (inglise k ''messenger'' RNA) ehk mRNA, mida kasutatakse seejärel valgu sünteesiks, tuntud ka [[translatsioon]]i nime all. Alternatiivselt võib transkribeeritud geen kodeerida ribosomaalset RNA-d (rRNA) või transpordi RNA-d (tRNA), mis on mõlemad vastavalt valgu kokkupanekuprotsessi või teiste ribosoomide osadeks.
 
DNA transkriptsiooni ühik, mis kodeerib valku, sisaldab peale otse valku transleeritava järjestuse (kodeeriva järjestuse) ka regulatoorseid järjestusi, mis juhivad ja reguleerivad antudseda [[valgusüntees]]i. Transkripti 5'-poolsed järjestused on ülesvoolu (ingl. k ''upstream'') ja 3'-poolsed järjestused allavoolu (ingl. k ''downstream'') RNA järjestused. Enne kodeerivat järjestust (''upstream'') asuvat regulatoorset järjestust nimetatakse viis prim mittetransleeritavaks regiooniks (5'UTR) ja järjestust, mis järgneb kodeerivale osale (downstream), nimetatakse kolm prim mittetransleeritavaks regiooniks (3'UTR) (inglise k ''untranslated region'').
 
Transkriptsioonil on ka mõned korrektuuri (inglise keeles ''proofreading'') mehhanismid, aga neid on vähem ja need on väiksema efektiivsusega kui DNA replikatsiooni ''proofreading''-mehhanismid; seega on transkriptsioon ebatäpsem kui DNA replikatsioon.
47. rida:
* aktivaatoreid ja repressoreid.
 
Arhede transkriptsiooni preinitsiatsiooni põhiolemus on sarnanesarnaneb eukarüootide omaga, ent pole nii keeruline. Arhede preinitsiatsiooni kompleks seostub TATA järjestuse seondumissaidiga; ometi koosneb arhede kompleks ainult RNA polümeraasist II, TBPst ja TFB (homoloog eukarüootide transkriptsioonifaktor II B'le(TFIIB)).<ref name="ydPs2" /><ref name="HQBbt" />
 
===Initsiatsioon===
55. rida:
Bakterites algab transkriptsioon RNA polümeraasi seondumisega DNA promootorile. RNA polümeraas on tuumikensüüm (tuumikensüüm koosneb ensüümi allüksustest, mida on vaja katalüütiliseks aktiivsuseks), mis koosneb viiest alaühikust: 2 α alaühikut, 1 β alaühik, 1 β' alaühik ja 1 ω alaühik. Initsiatsiooni alguses on tuumikensüüm ühendatud sigma faktoriga, mis aitab leida õiged −35 ja −10 aluspaarid allpool (downstream) promootorjärjestust.<ref name="VTCXu" />
 
Eukarüootides on transkriptsiooni initsiatsioon keerulisem. Eukarüootne RNA polümeraas ei tunne otseselt tuumikpromootorjärjestust ära. Selle asemel vahendavad transkriptsioonifaktorid RNA polümeraasi seondumist ja transkriptsiooni initsiatsiooni. Alles pärast kindla transkriptsioonifaktori ühendumist promootorjärjestusele seondub RNA polümeraas sellele. Täielik kogum, mis seondub promootorile, moodustades transkriptsiooni initsiatsiooni kompleksi, koosneb transkriptsioonifaktoritest ja RNA polümeraasist. [[Arhed]]e transkriptsiooni domeen on sarnanesarnaneb eukarüootide omaga.<ref name="fiCEy" />
 
===Promootori vabastamine===
 
Pärast esimese sideme sünteesimist peab RNA polümeraas promootori vabastama. Selle aja jooksul moodustatakse lühikesi, 2–8-ribonukleotiidilisi ahelaid, mis vabanevad. AntudSeda protsessi nimetatakse abortiivseks initsiatsiooniks ja on tavaline nii eukarüootides kui ka prokarüootides. Nurjunud initsiatsioon ilmneb senikaua, kuni σ-faktor paigutub ümber, mille tulemuseks on transkriptsiooni elongatsiooni kompleks (see annab 35 aluspaari suuruse liikuva jälje). σ-faktor vabastatakse enne, kui mRNA-st on 80 nukleotiidi sünteesitud. Kui transkriptist on sünteesitud umbes 23 nukleotiidi, ei libise see enam ja elongatsioon võib alata. See, nagu ka paljud teised transkriptsiooni osad, on energiat tarbiv protsess, kasutades energiaks adenosiintrifosfaadi (ATP) hüdrolüüsil vabanevat energiat.
 
Promootori vabastamine prokarüootides langeb kokku eukarüootide RNA polümeraasi karboksüülterminaalse (C-terminaalse) otsa 5. seriini fosforüülimisega, mida viib läbi TFIIH.<ref name="MqDWO" />
95. rida:
[[Pilt:RetroTranscription.jpg|pisi|Pöördtranskriptsiooni selgitav joonis]]
 
Mõnedel viirustel (nt [[HIV]], mis põhjustab [[AIDS]]-i) on võime transkribeerida RNA DNA-ks. HIV-l on genoomiks üheahelaline RNA, mis duplitseeritakse DNA-ks. Protsessi viib läbi RNA-sõltuv DNA polümeraas e. [[Revertaas]]. Selle tulemusel võib DNA ühineda peremeesraku DNA genoomiga. Peamist ensüümi, mis vastutab DNA sünteesi eest, nimetatakse pöördtranskriptaasiks. HIV puhul vastutab pöördtranskriptaas viiruse RNA genoomilt komplementaarse DNA ahela ([[cDNA]]) sünteesi eest. Abiensüüm ribonukleaas H loeb RNA ahelat ja pöördtranskriptaas sünteesib komplementaarse DNA ahela, mis võtab topeltheeliksi struktuuri. AntudSee cDNA integreerub peremeesraku genoomi integraasi abiga. Integreerumise tagajärjel hakkab peremeesrakk tootma viiruse valke, mis on vajalikud uute viiruspartiklite moodustamiseks.
 
Mõned eukarüootsed rakud sisaldavad ensüüme, millel on pöördtranskriptaasne aktiivsus. Nendeks ensüümideks on [[telomeraas]]id, mis pikendavad lineaarseid kromosoome. DNA pikenenud otsad on olulised, sest iga kord, kui kromosoomi kahekordistatakse, lüheneb kromosoomi pikkus paari nukleotiidi võrra. Lühenemine toimub kromosoomi otstes, kus on telomeraasi sünteesitud DNA järjestus. Sellelt järjestuselt ei kodeerita ühtegi geeni ja seda on vaja ainult ülejäänud kromosoomi kaitsmiseks. Telomeraas on tihti aktiveeritud vähirakkudes, et need rakud saaksid oma genoome lõputult duplitseerida, ilma et kaotaksid vajalikke valke kodeerivaid DNA järjestusi. Telomeraasi aktiveerimine võib muuta vähirakud surematuteks. Sellegipoolest pole telomeraasi tõeline olulisus ''in vivo'' veel empiiriliselt tõestatud.