Alfaviirus: erinevus redaktsioonide vahel

'''Alfaviirus''' (''Alphavirus'') on [[viirus]]te [[Perekond (bioloogia)|perekond]] [[Sugukond (bioloogia)|sugukonnast]] ''[[Togaviridae]]'' (Togaviirusedtogaviirused). Alfaviirused kuuluvad vastavalt [[genoom]]i <nowiki/>struktuuril põhinevale klassifikatsioonisüsteemile IV [[ViirusedBaltimore'i klassifikatsioon|viiruste]]Baltimore'i rühma (pakkus [[David Baltimoreklassifikatsioonisüsteemile]] 1971.IV aastal)rühma ningja omavadneil üksikahelaliston üheahelaline positiivse polaarsusega [[RNA]] [[genoom]]i. Kokku on teada umbes 30 [[Liik (bioloogia)|liiki]] alfaviirusi, mis nakatavad nii [[Inimene (perekond)|inimesi]], suuremaid loomi ([[Hobune|hobused]]), [[Närilised|närilisi]], [[Linnud|linde]], [[Kalad|kalu]] kui ka [[Selgrootud|selgrootuid]]. Alfaviiruste levimine liikide ja isendite vahel toimub peamiselt [[Moskiitolased|moskiitode]] abil, seetõttu kuuluvad nad [[Arboviirused|arboviiruste]] ([[Lülijalgsed|lülijalgsetega]] levivate viiruste) hulka. AlfaviirusedAlfaviirustel on ümbritsetud kestaga[[ümbris]], nad on kujult [[sfäär]]ilised ja nõrgaltvähesel määral [[pleomoorfsus|pleomorfsed]]. [[Virion|Virionide]] [[diameeter]] on umbes 70 [[Nanomeeter|nm]], nukleokapsiidid[[nukleokapsiid]] on 40 nm suurusedsuurune ja [[isomeetrilisus|isomeetrilisedisomeetriline]]. Partiklid on [[Ikosaeeder|ikosaeedrilised]], T=4 -[[Sümmeetria|sümmeetriaga]].

Alfaviiruste genoomiks on üksikahelalineüheahelaline positiivse polaarsusega RNA [[molekul]]. Üldine genoomiGenoomi pikkus on umbes 11 000 – 12000–12 000 [[Nukleotiidid|nukleotiidi]] ja selle otstes5’ otsas on 5’-cap[[Müts ja(geneetika)|müts]] ning 3’- otsas polü(A) struktuurid-saba. Alfaviiruste genoomis on kaks regiooni: struktuurnemittestruktuurne ja mittestruktuurnestruktuurne. Esimene asub 5'–otsas,-otsas ja on umbes 7000 [[Nukleotiidid|nukleotiidi]] pikk<ref name="Wagner" />, seega võrdne genoomi kahe kolmandikuga. TemastSellest [[Translatsioon|transleeritakse]] mittestruktuursete [[Valgud|valkude]] prekursor (eelvalk) P1234, millest proteolüütilise protsessingutöötluse teel moodustuvad mittestruktuursed valgud [[nsP1]], [[nsP2]], [[nsP3]] ja [[nsP4]]. Need proteiinid on alfaviiruste [[Transkriptsioon (geneetika)|transkriptsioonikompleksi]] põhilised komponendid, lisaks vastutavad nadneed rakulise sünteesi mahasurumisepärssimise eest. Teine regioon on umbes 4000 nukleotiidi pikk<ref name="Wagner" /> ning asub genoomi 3'–otsa-otsa-poolses kolmandikus. TaSee on kollineaarne alfaviiruste subgenoomse RNA-ga, millest [[Translatsioon|transleeritakse]] struktuursed proteiinid: nukleokapsiidne valknukleokapsiidivalk C, ümbrise valkümbrisevalk E1 ja prekursoorneprekursor P62.

P62 eelvalgu proteolüütilise protsessingutöötluse käigus moodustuvad [[valgud E2]] ja [[E3]] valgud. Koos [[E1]] -proteiiniga osalevad nad virioni pinna formeerumisesmoodustamises. E1 ja E2 (mõnikord ka E3) [[glükoproteiinid]] on assotsieerunudliitunud ogasarnasteks E1-E2 heterodimeerideks-hetero[[Dimeer|dimeerideks]] või E1-E2-E3 -heterotrimeerideks, kus E2 on ogadeoga keskosadeskeskosas, E1 asub tippudeogatippude vahel ja E3 (kui esineb) asub ogadeoga distaalsetesdistaalses osadesosas.<ref name="Bryan" /> Need struktuurid on paigutatudpaiknevad [[Membraan|membraani]] [[Lipiidid|lipiidsesselipiidses]] kaksikkihtikaksikkihis. E2 -glükoproteiin läbib membraankesta ning tema nukleokapsiidipoolne [[Domeen (struktuuribioloogia)|domeen]] interakteerub nukleokapsiidvalguga vahekorras üks ühele. E2 välisdomeeni ülesandeks on sidumineseonduda rakupinna [[retseptor]]itega rakupinnal. Rakku tungimisel stimuleerib alfaviirus [[endosoom]]i formeerumistmoodustumist, selle [[Happeline keskkond|happelises keskkonnas]] E1 dissotseerub E2 -valgust ja moodustab E1 -homotrimeeri. SellineSee struktuur mängib põhilist rolli [[rakumembraan]]i ja viiruse membraani ühinemises. Alfaviiruste [[glükoproteiin]] E1 on II klassi viiruslik fusioonvalkfusioonivalk ningja tasee erineb struktuurselt I klassi fusiooni valkudestfusioonivalkudest, mis leiduvad [[Gripiviirused|gripiviirustes]] ja [[HIV]]-is.<ref name="Lescar" /> Perifeerne E3 -glükoproteiin kaob enamikul alfaviirustest viiruslike partikliteviiruspartiklite moodustumise käigus. Erandiks on [[Semliki metsa viirus]], kus E3 jääb membraani koostissekoosseisu. Nukleokapsiid sisaldab 240 kapsiidvalgu koopiaid.

P1234 proteolüütilise protsessingutöötluse käigus moodustuvad valgud nsP1, nsP2, nsP3 ja nsP4 valgud. Igal proteiinil on [[tsütoplasma]]s toimuvas viirusliku RNA transkriptsioonis ja rakulise sünteesi rikkumisestakistamises oma spetsiifilinekindel ülesanne. nsP1 mängib rolli miinus-ahelalisemiinusahelalise RNA sünteesi algatamises, ning on [[metüültransferaa]]sse ja [[guanülüültransferaas]]se aktiivsustegaaktiivsusega. Tavaliselt on ta seotudsee membraanidegaseondunud raku seessisemembraanidele. nsP2 -valgul on [[helikaas|RNA-helikaasne]] ja [[proteaas]]ne aktiivsustoime. Põhiliselt lokaliseerubpaikneb see proteiin [[rakutuum]]as–umbesas – seal asub umbes 50% kogu nsP2 hulgast. nsP3 -valgu ülesandeid on veel vähe uuritud. Oletatakse, et temaselle C-domeen vastutab levimisvektori[[Siirutaja|vektori]] ja peremeesraku tüüpi äratundmise eest. nsP4 -valgul on [[polümeraas|RNA-polümeraasne]] aktiivsustoime.<ref name="Mahy" /><ref name="Strauss" />

E1- ja E2 -valgud on põhilised märklauadsihtmärgid mitmesugustes [[Seroloogia|seroloogilistes]] reaktsioonides ja testides, näiteks neutraliseerimises[[Neutralisatsioon|neutralisatsioonireaktsioonis]] ja [[hemaglütsinatsioonHemaglutinatsiooni pidurdusreaktsioon|hemaglutinatsiooni pidurdusreaktsioonis]]ilises, inhibitsioonismida kasutatakse viiruse määramiseks. Seroloogiliselt näitavadon alfaviirusedalfaviirustel suurtsuur [[antigeen|antigeenne]]set varieeruvustvarieeruvus, mille alusel eristatakse 7seitset antigeenset kompleksi, 30 liiki ning mitmeid subtüüpe ja varieetevarieteete.

:'''''Barmah Forest''iForesti viiruse kompleks'''

::''[[Barmah Forest''iForesti viirus]]

::[[Ida hobuste entsefaliidi viirusentsefaliidiviirus]]

:'''''Middelburg''iMiddelburgi viiruse kompleks'''

::''Middelburg''i[[Middelburgi viirus]]

:'''''Ndumu'' viiruse kompleks'''

::''[[Ndumu'' viirus]]

:'''''Semliki Forest''imetsa viiruse kompleks'''

::''[[Bebaru'' viirus]]

::''[[Mayaro'' viirus]]

:::Subtüüp: ''[[Una'' viirus]]

::[[O’nyong''O’Nyong Nyong''nyongi viirus]]

:::Subtüüp: ''[[Igbo-Ora'' viirus]]

:::Subtüüp: ''[[Bebaru'' viirus]]

:::Subtüüp: ''[[Getah'' viirus]]

:::Subtüüp: ''[[Sagiyama'' viirus]]

:::Subtüüp: ''[[Me Tri'' viirus]]

::''[[Cabassou'' viirus]]

::''[[Evergladesi'' viirus]]

::''[[Mosso das Pedras''Pedrasi viirus]]

::''[[Mucambo'' viirus]]

::''[[Paramana'' viirus]]

::''[[Pixuna'' viirus]]

::''[[Rio Negro'' viirus]]

::''[[Trocara'' viirus]]

:::Subtüüp: ''[[Bijou Bridge''i viirus]]

::[[Venezuela hobuste entsefaliidi viirusentsefaliidiviirus]]

::''[[Aura'' viirus]]

::''Kyzylagach''[[Kyzylagachi viirus]]

::[[Sindbis viirus|Sindbisi viirus]]

::''[[Ockelbo'' viirus]]

::''[[Whataroa'' viirus]]

::''[[Buggy Creek''Creeki viirus]]

::''[[Fort Morgan''iMorgani viirus]]

::''[[Highlands J'' viirus]]

::[[Lääne hobuste entsefaliidi viirusentsefaliidiviirus]]

::[[Lõuna Mereelevantide-lonthüljeste viirus]]

::''[[Tonate''i viirus]]

Alfaviiruste [[Perekond (bioloogia)|perekond]] tekkis [[UusVana Maailm|UuesVanas Maailmas]] ja selle eelkäijateks olid taimsed viirused[[taimeviirused]], mille ülekandminelevik toimus [[Lülijalgsed|lülijälgsete]] vahendusel.<ref name="Powers" /> Alfaviiruste hargneminelahknemine [[Uus Maailm|Uue]] ja [[Vana Maailm]]a viirusteks toimus umbes 2000–3000 aastat tagasi.<ref name="Weaver" /> ''Barmah Forest''iForesti viirus on [[Semliki metsa viirus|Semliki metsa viirusega]]e sugulasliiksuguluses. ''Middelburg''iMiddelburgi viirus, mis onmida klassifitseeritudklassifitseeritakse iseseisvaks kompleksiks, kuulubvõib oletatavastikuuluda Semliki metsa viiruse rühmakompleksi. Venezuela hobuste entsefaliidientsefaliidiviiruse ja Idaida hobuste entsefaliidi viirusteentsefaliidiviiruse omavaheline lahknemine toimus umbes 1400 aastat tagasi.<ref name="Weaver2" /> ''Sindbis''Sindbisi viirus, mis on pärit [[Lõuna-Ameerika manner|Lõuna-Ameerikast]], on hobuste entsefaliidi viirusteentsefaliidiviiruste sugulasliik.<ref name="Lundström" /> Lõuna mereelevantide-lonthüljeste viirus kuulubon ''Sindbis''ilmselt Sindbisi viiruse [[klaad]]i sugulane. Kalu nakatavadKalade viirused moodustavad basaalse klaadiarvatavasti teistele alfaviiruste liikidele basaalse klaadi. Lääne hobuste entsefaliidi viirusentsefaliidiviirus on rekombinantne viirus, mis tekkis Idaida hobuste entsefaliidientsefaliidiviiruse ja ''Sindbis''<nowiki/>'eSindbisi viirusteviiruse [[Homoloogiline rekombinatsioon|rekombinatsioon]]irekombinatsiooni tulemusena. Sellel viirusel on ''Sindbis''Sindbisi viirusest pärit E1- ja E2 -valgud janing geneetilised regioonid, mis vastavad Idaida hobuste entsefaliidi viiruseleentsefaliidiviirusele.<ref name="Mahy" />.

! Viirus!! Sümptomid Inimeste haigusinimestel !! Selgroogsed peremehed !! Regioon

|''[[Barmah Forest''iForesti viirus]]

|Palavik, halb enesetunne, lööve, [[atralgiaartralgia]], [[müalgia]]

|[[Chikungunya viirus]]

|''[[Mayaro'' viirus]]

|''[[O'nyong'nyong''i viirus ]]

|[[Semliki metsa viirus]]

|''[[Sindbis'' viirus|Sindbisi viirus]]

|''[[Una'' viirus]]

|[[Ida hobuste entsefaliidi viirusentsefaliidiviirus]]

|''[[Tonate''i viirus]]

|[[Venezuela hobuste entsefaliidi viirusentsefaliidiviirus]]

|[[Lääne hobuste entsefaliidi viirusentsefaliidiviirus]]

Alfaviirused on levinud üle kogu maailma ja paljud neist nakatavad ka inimestiinimest. Kõige tavalisemad haigused ja sümptomid, mida nad põhjustavad, on [[Liigesepõletik|artriit]], [[entsefaliit]], [[lööve]] ja [[palavik]]. Haigestumine võib lõppeda surmaga. Alfaviiruste ohvriteksperemeesteks onolevad mittesuuremad ainult inimesedloomad, kuidnagu kainimesed suuremadja loomadhobused, näitekson hobused.tavaliselt Tavaliselttupikperemehed onja sellistelei loomadelmängi alfaviirusteolulist ülekandmisesrolli väikeviiruse rolllevimises. Ainult Venezuela hobuste entsefaliidi viiruseentsefaliidiviiruse puhul on tõestatudleitud, et selle peamised looduslikud peremehedhobused on hobusedviiruse võimendajateks. TeisedTeiste alfaviirusedalfaviiruste levivadlooduslikud looduslikesreservuaarid tingimusteson peamiselt moskiitodemoskiitod, närilistenärilised ja lindude abillinnud.

ÜheksAlfaviirused võimaluseksvõivad onüle alfaviiruste ülekandminekanduda lülijalgsete vahendusel, näiteks moskiitode abilvahendusel. NõelamiselPistel tungib viirus vereringesse, põhjustades [[vireemia]]t. Alfaviirused on võimelisedvõivad sisenemasiseneda ka [[kesknärvisüsteem]]i, kus nad paljunevad [[neuron|neuronites]]ides. Näiteks Semliki metsa viiruse puhul põhjustab alfaviiruste niisugune käituminesee entsefaliiti, mis lõpeb halvematel juhtudel letaalselt. [[Immuunsüsteem|Immuunsüsteemis]] kutsuvad alfaviirused esile [[interferoon]]ide sünteesi. Lisaks sellele on immuunvastuses kaasatud [[antikehad]] ja [[Lümfotsüüt|T-rakud]], mis mängivad olulist rolli viirusliku infektsiooni kõrvaldamises ja edasise arengu takistamises.

==Diagnoosimine, epidemioloogia, tõrjumine ja kontrolltõrje==

Diagnoosimine põhineb kliinilistel proovidel, kust on võimalik huvipakkuvat viirust isoleerida ja identifitseerida. OhvrideHaigestunute suremus on märkimisväärne: 30–70% Chikungunya viiruse puhul ja umbes 70% Idaida hobuste entsefaliidientsefaliidiviiruse puhul. Infektsioon levib eelkõige laste ja vanade inimeste hulgas, selle põhjusekskellel on nõrgenenudnõrgem immuunsüsteem (eriti lastel). Alfaviirused põhjustavad pikaajaliste antikehade tootmist, mis kaitsevad [[organism]]i kogu elu.<ref name="Mahy" />. Praegu puuduvad vaktsiinid selliste patogeenidealfaviiruste vastu [[Vaktsiin|vaktsiinid]], seetõttu on lahenduseks putukate peletamine [[repellent]]idetõrjevahendite abil, kaitserõivaste kandmine ningja viiruse viirusekandjatesiirutajate (näiteks moskiitode) elukohtadepaljunemiskohtade hävitamine.

==TeadusuurimusedTeadustöö==

Alfaviirusi kasutatakse biomeditsiinilistes uuringutes. Näiteks [[Ross Riveri viirus]]t, [[Sindbis viirus|Sindbisi viirus]]t, [[Semliki metsa viirus]]t ja Venezuela hobuste entsefaliidi viirustentsefaliidiviirust kasutatakse viirusvektorite arendamises, mida on võimalik rakendada [[Geeniteraapia|geeniteraapias]], [[onkoloogia|onkoteraapias]] ja huvipakkuvate valkude sünteesis.<ref name="Atkins" /> Samuti pakkuvad huvi [[Kimäärsus|kimäärsed]] viirused, mille struktuuridesstruktuuris on alfaviiruste ümbrisedümbris ja [[retroviirus|retroviiruse]]te nukleokapsiididnukleokapsiid – niinimetatud pseudotüüpi viirused. Sellised retroviiruste ja ka [[Lentiviirus|lentiviiruste]] pseudotüübid on võimelised sisestama oma geene peremeesrakku, mismille ontunnevad identifitseeritudära alfaviirusteja valkudemillesse aitavad siseneda alfaviiruse valgud E1 ja E2 poolt. GenoomiViiruse geenide stabiilset integreerumist määrabperemehe kagenoomi retroviirustevahendab retroviiruse nukleokapsiid. TegelikultAlfaviiruste onkasutust alfaviirustegeeniteraapias teraapiaspiirab kasutaminenende piiratudpuudulik nendevõime märklaudrakkudesihtmärkrakke äratundmise spetsiifilisusegaeristada. AntudSeda asjaoluprobleemi selgitamisekson sisestatilahendatud E2 -valgu struktuuri antikehademuutlike muutuvaidantikehadomeenide domeene ning määrati eripäraseid rakkude populatsioone. Teiseks takistuseks alfaviiruste kasutamisele on seesisestamisega, et mõned viiruslikud valgud põhjustavad [[apoptoos]]i. Need piirangud ei puuduta retroviiruste ja lentiviiruste pseudotüüpe, millel on alfaviirustest pärit ümbrised. Aga tuleb arvestada, et kui Sindbis viiruse membraanvalkude ekspressioon põhjustab apoptoosi, siis selliste valkude sisenemine peremeesrakku põhjustab ka pseudotüübiga nakatumisel raku surma. Sindbis viiruse membraani toksilisus ongi viirustiitrite madala produtseerimistaseme põhjuseks. Need tiitrid saadakse tavaliselt spetsiaalselt Sindbis pseudotüübi sünteesiksviirus konstrueeritudnakataks rakkudekindlat liinisrakupopulatsiooni.