SellesPärn alustas sõda otse sündmuste keskel, olles Läänerindel. Tema 2. erikorpus lahingutegevusest esimestel päevadel osa ei võtnud, Pärn kurseeris sõja esimestel päevadel NSVL 10. ja 4. armee vahel, sõjaskokku oli Läänerindel sõja esimestel päevadel 3 armeed. Pärn oli üks esimesi, kes kandis olukorrast rindel ette marssal Boris Šapošnikovile, kelle Stalin oli saatnud Läänerinde staapi, et segasest olukorrast teavet saada. Pärn oli alates augustist 1941 [[Brjanski rinne|Brjanski rinde]] koosseisu kuuluva 50. armee staabiülem;detsembris( armeejuhataja M.Petrov). Pärn märgiti ära Punalipu ordeniga 30.septembril 1941 ning ülendati kindrlamajoriks 7.oktoobril 1941.a. Detsembris 1941 juhtis ta kindralstaabi ohvitseride operatiivgruppi, kes aitas Moskva lahingute ajal 10. armees ja 1. kaardiväe-ratsakorpuses juhtida vastupealetungi ja organiseerida varustust; jaanuarist 1942 oli ta [[Volhovi rinne|Volhovi rinde]] koosseisu kuuluva 59. armee staabiülem.
1942. aastal määrati Pärn [[Eesti rahvusväeosad]]e juhiks. Ta oli [[1942]]. aastal moodustatud [[7. Eesti Laskurdiviis]]i ja seejärel [[249. Eesti Laskurdiviis]]i ülem ning aastatel [[1942]]–[[1945]] eesti laskurdiviise ühendava [[8. Eesti laskurkorpus]]e ülem. Kindral-leitnant aastast 1943.
