2000-ndate. aastate algul, kui kaitseväes algas kiirem ettevalmistus [[NATO]]-ga liitumiseks, vaadati üle ka mereväe tegevus ja koosseis. Vahendite ja personali jätkuvaljätkuvale nappuselnappusele vaatamata ja lootuses liitlasriikide kaitse garantiile ka merel, otsustati keskenduda vaid miinitõrjevõime arendamisele ja seeläbi liitlaslaevastikega koostöösse panustamisele. MitmedMitu abina saadud vanemadvanemat laevadlaeva arvati teenistusest välja ja asemele otsustati hankida mõned uuemad moodsamad [[miinijahtija]]d. Otsustati likvideerida rannakaitse kompanii, millest sai veel mõneks ajaks baasikaitse kompanii.
1. aprillil 2003. a asutati juhtide, esialgu allohvitseride, väljaõppe paremaks korraldamiseks mereväekool<ref>https://www.globalsecurity.org/military/world/europe/et-navy.htm</ref> (kuni 2008. aaastani nimega Mereväe väljaõppe- ja arenduskeskus).
===Mereväe areng NATO kooseisus===
2000-ndate. aastate lõpul otsustati mereväes loobuda ajateenijatest, panustades vaid professionaalidele. See aga ebaõnnestus, sest peagi süvenessuurenes veelgipuudus madrustemadrustest ja allohvitseride puudusallohvitseridest ning ajateenistus mereväes taastati. Nooremallohvitsere ajateenijatest siiski laevadele enam ei koolitatud. 2007. aasta augustiks renoveeriti lõpuks Miinisadama (juba nõukogude ajast) amortiseerunud põhjapoolsed [[kai]]d u 500 m ulatuses.
2011. aaastal alustati [[Sõjakool]]i ja mereväekooli baasil Eestis oma mereväe eriala ohvitseride väljaõpetamist.
