1941 - 1944 kasutas sadamat Saksa [[Kriegsmarine]].
Pärast 2.Teise maailmasõja lõppu paiknes Miinisadamas peamiselt [[94. punalipuline miinitraalerite brigaad]], mis ühtlasi teostaspuhastas sõja ajal väga tihedalt mineeritud Soome lahe puhastamistlahte veel aastaid. Lisaks sellele asusid sadamas veel üksik [[valvelaev]]ade divisjon ja üksik väikeste [[allveelaevahävitaja]]te divisjon. Ilmselt 1970-ndail. aastail rajati sadamasse läänepoolsele kõrgemale nõlvale laeva vööri kuju imiteeriv ausammas aastail 1941-1945 hukkunud nõukogude mereväelastele.
Pärast Eesti iseseisvuse taastamist ja juba teada oleva vägede lahkumise ootel rüüstati kõik Miinisadamas seisvad laevad, mida polnud võimalik või otstarbekas kaasa viia. Miinilaevade väärismetallist detaile ja varustust müüdi tutvuste kaudu ka eraisikutele. Vrakid jäeti kai äärde, kuna osa neist uputati või uppusid sealsamas. Vene vägede varustuse Eestist äraviimiseks pealelaadimiseks saabusid laevad peamiselt mujalt. Rüüstati ka sadamarajatisi.
