968. aastal hukati Antiookia patriarh süüdistatuna [[Bütsantsi ajalugu#Bütsantsi-Araabia sõjad|Bütsantsi]] kasuks tegutsemises ning aastal [[969]] vallutas [[Bütsantsi keiser]] [[Nikeforos II]] linna tagasi. Aastal [[1084]] vallutasid linna [[seldžukid]].
[[Esimene ristisõda|Esimese ristisõja]] ajal langes linn seitsmekuulise piiramise järel ristisõdijate kätte. Linnast sai [[Antiookia vürstiriik|Antiookia vürstiriigi]] pealinn. Ristisõdade ajal, kui Antiookia kreeklastest kirikujuhid olid Konstantinoopolis eksiilis, ja Euroopast tulnud ristisõdijate ja kohalike vastuolude aluseks oli ka [[Suur kirikulõhe|1054. aastast pingestunud vastuolu]] [[Idakirik]]u ([[kreekakatoliku kirik]]) ja [[läänekirik]]u ([[roomakatoliku kirik]]) vahel. Ristisõdijate valitsejad toetasid asutatud [[Ristisõdijate riigid|Ristisõdijate riikides]] Rooma paavstile alluvat [[roomakatoliku kirik]]ut. Antakya vallutanud [[Bohémond I (Antiookia)|Bohémond]], keeldus tagastamast Bütsantsi kontrolli alla vallutatud [[Levant]]i linnu, kuulutas end [[Antiookia vürst]]iks ning saatis välja linnast [[Konstantinoopoli mõjuoikumeeniline patriarh|Konstantinoopoli suurenesoikumeenilisele patriarhaadilepatriarhile]] allunud kreeka [[patriarh]]i. Paavst [[Paschalis II]] toetas [[1105]] [[Antiookia vürst]]i [[Bohemund I]] sõjakäiku [[Bütsants]]i vastu ja andis [[Jeruusalemma kuningas|Jeruusalemma kuninga]]le [[Baldwin I]]-le privileegi allutada Jeruusalemma patriarhaadi jurisdiktsiooni alla kõik vallutatud aladel olnud [[kogudus]]ed. Bohémond pidas Bütsantsiga veel lühikese sõja, kuid nõustus uuesti vasallistaatusega aastal 1108. Sellega õnnestus Alexiosel lõpetada vastasseis normannidega.
Aastal [[1268]] vallutasid linna Egiptuse [[mamelukid|mamelukkide]] väed [[sultan]] [[Baybars]]i juhtimisel. [[13. sajand]]il hakkas Antiookia linn oma tähtsust minetama ja [[14. sajand]]il asus Antiookia ortodoksne patriarh [[Damaskus]]esse, kus ta resideerib siiani. Antiookia patriarhaadi kristlaste suurimad kogukonnad asuvad [[Süüria]]s ja [[Liibanon]]is ning [[metropoliitkond]]i ja [[piiskopkond]]i on veel [[Lõuna-Ameerika]]s, [[Põhja-Ameerika]]s, [[Iraak|Iraa]]gis, [[Kuveit|Kuvei]]dis, [[Austraalia]]s, [[Uus-Meremaa]]l ja [[Lääne-Euroopa]]s.
