Enamik tänapäeva kahepaikseid on loomtoidulised ja söövad ainult elusat saaki<ref name="Sammakot1" /><ref name="Sammakot1" />, samas olles ise toiduks suurematele röövloomadele. [[Salamanderlased]] ja vees elavad konnad võivad siiski harjuda sööma ka liikumatut saaki, näiteks vihmaussi tükke. Kahepaiksed ei pööra erilist tähelepanu paigalseisvatele objektidele: nad ei suuda liikumatuid loomi taimedest eristada. Objekti liigutus vallandab kahepaiksel jahirefleksi. Kui liikuv objekt on piisavalt värviline, siis nad ründavad seda kohe, mistõttu nad saavad sageli saagiks tuule käes liikuvaid taimeosasid. Tavaliselt sülitavad nad sellised mittesöödavad palad välja, sageli aga ka neelavad alla.
Saaklooma suurus sõltub kahepaikse suurusedsuurusest. Enamik kahepaikseid on väikesed ning söövad põhiliselt putukaid ja teisi selgrootuid. Suuremad kahepaiksed võivad süüa närilisi., linde ja madusid. Küllaltki sageli esineb ka kannibalismi. Paljud kahepaiksed on spetsialiseerinudspetsialiseerunud toituma teatud liiki saagist, näiteks termiitidest. Mõned kahepaiksed elavadki sipelgate või termiitide pesa lähedal.
Kahepaiksete vastsed söövad taimetoitu. Moonde ajal kujuneb seedeelundkond ümber, nii et täiskasvanud isendid lähevad üle loomtoidule. Suupiirkond muutub ja sool lüheneb. Kui suu on välja kujunenud, siis see luustub ja sinna kasvavad hambad haaramiseks.
