Johannes Kert on lõpetanud [[Võru Keskkool]]i ning [[Tartu Ülikool]]i kehakultuuriteaduskonna 1981.
Kert on lõpetanud roodukomandöride kursuse [[Harkovi KõrgemaKõrgem Tankivägede Kool|Harkovi Kõrgema Tankivägede Kooli]]i juures 1988, kõrgemate riigiametnike strateegilise planeerimise kursuse [[George C. Marshalli nimeline Euroopa Julgeoleku-uuringute Keskus|George C. Marshalli nimelises Euroopa Julgeoleku-uuringute Keskuses]] Saksamaa Liitvabariigis 1994. Ta on õppinud [[Soome Vabariigi Maakaitse Kõrgkool]]i Eesti riigikaitse kõrgema juhtkonna erikursusel 1998–1999 ning [[Ameerika Ühendriikide Army War College]]'is [[Pennsylvania]]s 1999–2000.
