Raudteejaam asub laiarööpmelise [[Tapa–Tartu raudtee]] ääres.
Kärkna raudteejaamas asub lisaks peateele kolm kõrvalteed ning [[jaamahoone]]elektritsentralisatsioonipost. Lisaks asub jaamas kolm haruteed, millest kaks suunduvad [[Tartu Naftabaas|Tartu Naftabaasi]] ja üks suundus üle [[Amme jõgi|Amme jõe]] [[Kärkna kütusebaas|Kärkna kütusebaasi]] (Sillaotsa), mida kasutati [[Raadi sõjaväelennuväli|Raadi lennuvälja]] teenindamiseks.
Vana puidust [[jaamahoone]] lammutati 1997. aasta lõpuks.
2001. aastal suleti Kärkna jaam reisirongiliiklusele.<ref name="postimees2001"/>
2011. aasta lõpus valmis KärknalKärknas uus lühike [[ooteplatvorm]], mis asub vana platvormi asukohast 1,4 km kaugusel (Tartu poole) ning see ei jää enam Kärkna raudteejaama territooriumile. Reisirongid hakkasid Kärkna raudteepeatuses uuesti peatuma 2012. aastal.<ref name="postimees2011"/> Uus peatus asub Tallinnast 417,3 km kaugusel.<ref>http://railwayz.info/photolines/station/18395</ref>
