Kuulujuttude järgi oli Hoover [[homoseksuaalsusHomoseksuaalsus|homoseksuaalhomoseksuaalne]], kuid seda pole suudetud tõestada, kuigi tema vaenlased seda väitsid. On väidetud ka, et ta tegeles [[transvestitism]]iga, kuid see on arvatavasti väljamõeldis. Hooveri parem käsi [[Clyde Tolson]] saatis teda pidevalt rohkem kui 40 aasta jooksul ning nad käisid sageli koos puhkusel. Hoover ja Tolson jäid mõlemad eluks ajaks vallalisteks ja Hoover elas koos oma emaga kuni ema surmani [[1938]], kui Hoover oli 43-aastane. Hoover sai [[presbüterlus|presbüterliku]] kasvatuse ja kaalus noorpõlves vaimulikuametit. Seda avalikult teadaolevat tõsiasja kasutas ta selleks, et vältida võimalikke etteheiteid oma seksuaalsele või muule käitumisele.
Väidetakse, et meediaga sidemetes olev Chicago [[maffia]] šantažeeris teda sageli fotodega, mis kujutasid teda naiseriietes. See võiks olla seletuseks, miks ta neid väidetavalt kunagi ei puutunud. Ent kui talle anti käsk maffiat jälitada, siis ta tegi seda innukalt. Maffia allikate sõnul selliseid fotosid ei olnudki olemas.
Üks FBI memorandum [[11. juuni]]st [[1943]] mainib kuulujutte, et Hoover on homohomoseksuaalne ning tema ümber on grupp noori poisse, ning märgib, et need kuulujutud on liikunud vähemalt kaks aastat.
