DNA sekveneerimine: erinevus redaktsioonide vahel

Eemaldatud sisu Lisatud sisu

Reasisene

Redaktsioon: 25. juuli 2017, kell 02:21

DNA sekveneerimine ehk järjendamine on DNA molekuli primaarstruktuuri nukleotiidse järjestuse määramine.

Kuna DNA järjestus hoiab endas informatsiooni organismide ehituse kohta on DNA järjestuse teadmine oluline nii baasteadustes kui rakendusteadustes.

Ajalugu

Esimese DNA sekveneerimismeetodiga tuli välja Ray Wu 1970. aastal, kes järjendas osa lambda faagi genoomist.^[1] Esimene täisgenoomi sekvents avaldati 1977. aastal, kui Frederick Sangeri töögrupil õnnestus sekveneerida bakterofaagi ΦX174 genoom.^[2] Sealt alates on sekveneeritud paljude organismide täisgenoomid ning tuntuimaks sellealaseks saavutuseks on Inimese Genoomi Projekt.

Sangeri ja tema kaastööliste arendatud ahela terminatsiooni meetod (inglise keeles chain termination method), mis sai tuntuks kui Sangeri meetod, paistis silma oma lihtsuse ja usaldusväärsuse poolest. See ensümaatiline meetod automatiseeriti peagi ning sellest kujunes põhiline esimese põlvkonna sekveneerimismeetod. Samaaegselt tulid oma taktikaga välja ameeriklased Allan Maxam ja Walter Gilbert, kuid nende mittetäieliku keemilise lagundamise meetod kaotas oma populaarsuse, kuna Sangeri meetodit sai kergemini automatiseerida ja ohtlikke reagente kasutati märgatavalt vähem.

Alates 2000. aastate teisest poolest on toimunud valdkonna eriti kiire areng ning esile on kerkinud teise põlvkonna kõrge läbilaskevõimega meetodid (inglise high-throughput methods, varem next generation sequencing). Näiteks pürosekveneerimine. Enamiku nende tehnoloogiate ühiseks omaduseks on see, et pinnale fikseeritud DNA juppide (inglise template) alusel sünteesitakse komplementaarne vastasahel, mida tehes registreeritakse iga lisatud nukleotiidi korral kiirgus või keemiline signaal. Üleüldiselt iseloomustab sääraseid tehnikaid "sünteesi abil sekveneerimine" (inglise keeles sequencing by synthesis).

Turule on jõudmas ka esimesed kolmanda põlvkonna sekveneerimistehnoloogiad nagu SMRT (single-molecule real-time sequencing).

Vaata ka

Viited

↑ Wu R, Tu CD, Padmanabhan R (1973). "Nucleotide sequence analysis of DNA. XII. The chemical synthesis and sequence analysis of a dodecadeoxynucleotide which binds to the endolysin gene of bacteriophage lambda". Biochem. Biophys. Res. Commun. 55 (4): 1092–9. PMID 4358929.
↑ Sanger F, Air GM, Barrell BG, Brown NL, Coulson AR, Fiddes CA, Hutchison CA, Slocombe PM, Smith M (February 1977). "Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA". Nature. 265 (5596): 687–95. PMID 870828.

[1] Wu R, Tu CD, Padmanabhan R (1973). "Nucleotide sequence analysis of DNA. XII. The chemical synthesis and sequence analysis of a dodecadeoxynucleotide which binds to the endolysin gene of bacteriophage lambda". Biochem. Biophys. Res. Commun. 55 (4): 1092–9. PMID 4358929.

[2] Sanger F, Air GM, Barrell BG, Brown NL, Coulson AR, Fiddes CA, Hutchison CA, Slocombe PM, Smith M (February 1977). "Nucleotide sequence of bacteriophage phi X174 DNA". Nature. 265 (5596): 687–95. PMID 870828.

[1]

[2]