Aleksei Müürisepp oli [[abielu]]s Faina Stepani t Rõtškovaga (s. 1904 Krasnojarskis). Alekseil oli vennad August (s. 1906), kes töötas automehhaanikunaautomehaanikuna Krasnojarski krais sovhoosis, represseeriti 1937. aastal, mil heideti parteist välja ja oli aasta sunnitööl; Vassili (s. 1910), kes oli insener-tehnoloog lennukitööstuse tehases nr 21; Vselovod (s. 1917), kes oli soojustehnik Krasnojarski jõelaevanduses ning õed Jelena (s. 1909), kes oli rahvakohtunik Krasnojarski linnas; ja Aleksandra (s. 1914), kes oli laojuhataja Krasnojarskis.<ref name="EKPKK_325-26"/>
