Kogudus avati [[1871]]. aastal, koguduseliikmeid oli algusaastail 200–250. Kogudus kasutas [[1873]]. aastal valminud [[Aruküla Püha Kolmainu kirik]]ut. Samuti oli [[Kostivere]]s kogudusel oma palvemaja, kuna koguduse piirid olid väga laialdased.
Aruküla Püha Kolmainu koguduse esimene [[hingekarjane]] oli ülempreester [[Karp Tiisik]].
Aruküla koguduse pühamu põles maha teise[[Teine maailmasõda|Teise maailmasõja]] ajal. Enamik Aruküla õigeusklikke ühinesoli sunnitud pärast sõda ühinema [[Juuru Mihkli kogudus|Juuru luteriluteriusu kogudusega]]. Kogudust hooldava [[üpr]]ülempreestri [[Nikolai Kokla]] õhutusel ja [[Usuasjade volinik|usuasjade voliniku]] Nikolai Karsakovi ettekirjutusel Aruküla Püha Kolmainu kogudus siiski [[1946]]. aastal registreeriti. JärgmiseJärgmine [[usuasjade volinik|usuasjade voliniku]] Aleksander Tarassovi poolt tehtiTarassov tegi [[22. veebruar|22]]. veebruarilil [[1951. aastal]] [[VÕKVene Õigeusu Kirik]]u nõukogule ettepanek ettepaneku kogudus likvideerida, kuna kirikuhoone puuduspuudub. VÕKN-i otsus jõustus 22. novembril 1951. aastal -, põhjusena toodi usklike puudumine koguduses. - teadeTeade koguduse sulgemise kohta ilmus "[[Eesti Õigeusu Piiskopkonna Teatajas"Teataja]]s juba [[15. juuni|15. juunil]] 1951.aastal.
[[2006]]. aastal loodiasutati kiriku taastamiseks [[mittetulundusühing]], koguduse avamineasutamine pole veel õnnestunud.
