Eesti Raudtee juhatuse liikmed on Sulev Loo, Toomas Virro ja Sergei Fedorenko.
2016. aasta seisuga on Eesti Raudtee nõukogu liikmed [Priit Rohumaa (esimees), Tiit Riisalo, Ain Tatter ja [[Urmas Sõõrumaa]].<ref>[http://www.evr.ee/ettev%C3%B5ttest-n%C3%B5ukogu AS Eesti Raudtee nõukogu]</ref>