Halliste jõe lähe asub [[Sakala kõrgustik]]ul, [[Karksi ürgorg|Karksi ürgoru]] ülaosas [[Valga-Uulu maantee]] äärest. Haldusjaotuse järgi algab jõgi [[Viljandi maakond|Viljandi maakonnas]] [[Karksi vald|Karksi vallas]] [[Kõvaküla]]s. Kõrgustikul voolab jõgi mööda [[Karksi ürgorg]]u loode suunas. [[Karksi-Nuia]] linna ääres on org järsunõlvaline ja seal on jõele rajatud kaks paisjärve, [[Linnaveske järv]] ja [[Karksi järv]], viimasest läheb üle [[Imavere – Viljandi – Karksi-Nuia maantee]]. Karksi järvest väljumisel voolab jõgi [[Karksi-Nuia – Halliste tee]] alt läbi. Ürgorg muutub seejärel laiemaks ja selle põhi soiseks, jõgi läbib [[Saksaveske järv]]e. Enne [[Kariste järv]]e voolab jõgi endise [[Pärnu–Mõisaküla–Viljandi raudtee]] tammi alt ja [[Sultsi – Abja–Paluoja tee]] alt läbi. [[Kariste järv]] on viimane ja ainus looduslik järv, mis jõele jääb. [[Vana-Kariste]] ligidal, pärast [[Veelikse – Vana-Kariste tee]] alt läbivoolamist on jõesängi ca 6 km pikkusel lõigul õgvendatud. Pärast [[Tõlla jõgi|Tõlla jõe]] suubumist vasakult voolab Halliste jõgi [[Tõlla–Kamali tee]] alt läbi. Umbes selle koha peal lõppeb [[Sakala kõrgustik]] ja edasi voolab Halliste jõgi juba [[Soomaa]]l. [[Kanaküla]]s suubub paremalt [[Pale jõgi]] ja ca 750 m pärast voolab jõgi [[Tartu – Viljandi – Kilingi-Nõmme maantee]] [[Kanaküla sild|Kanaküla silla]] alt läbi. [[Kanaküla]]s suubub vasakult veel ka [[Alva jõgi]], mille järel pöörab Halliste jõgi rohkem põhja suunas. Seejärel tuleb Halliste jõe ainus kärestikuline lõik, kaitsealune [[Vardja kärestik]] koos [[Vardja aluskivimi paljand]]iga. Jõe lõpuosa voolab [[Soomaa rahvuspark|Soomaa rahvuspargi]] alal. 7,6 km enne Halliste jõe suuet suubub paremalt [[Raudna jõgi]]. Halliste jõgi suubub [[Navesti jõgi|Navesti jõkke]] [[Soomaa]]l, suue asub haldusjaotuse järgi [[Pärnu maakond|Pärnu maakonnas]] [[Riisa]] ja [[Aesoo]] külade piiril.
Jõgi läbib nelja seisuveekogu: [[Linnaveske järv]], [[Karksi järv]], [[Saksaveske järv]] ja [[Kariste järv]]<ref name="EELIS"/>.
