Pärast [[Saksa okupatsioon Eestis (1941–1944)|saksaSaksa okupatsiooni]] algust, kuulutas 3. septembril 1941 EAÕK juht, Tallinna ja kogu Eesti metropoliit [[Aleksander (Paulus)|Aleksander]] [[3. september|3. septembril]] [[1941]] ennast taas Konstantinoopoli oikumeenilise patriarhi jurisdiktsiooni all oleva EAÕK peaks. MilleSelle järelpeale andis metropoliit Sergi andis Aleksandri kirikukohtu alla ning see keelas 5. novembril 1942 tal toimetada kirikuteenistusi. Seejärel toimus lahknemine ka kogudustes: venekeelsed koguduste liikmed tunnistasid juhina [[Narva piiskop]]pi [[Pavel (Dmitrovski)|Pavelit]], eestikeelsed koguduste liikmed aga Aleksandrit.
