Ernst Heinrich Philipp August Haeckeli vanemad olid valitsusnõunik Philipp August Haeckel ja tema abikaasa Charlotte (sündinud Sethe). Ta sündis 16. veebruaril 1834. aastal [[Potsdam]]is oma vanemate teise pojana. Aastal 1835 asus perekond elama [[Merseburg]]i. Poiss õppis sealses toomgümnaasiumis, mille ta lõpetas 1852. Isa ning õpetaja Otto Gandteri õhutusel luges ta koolipoisina [[Matthias Jacob Schleiden]]i, [[Alexander von Humboldt]]i ja [[Charles Darwin]]i kirjutisi. Eriti Humboldti ja Darwini reisikirjandus avaldas tema hilisemale elukutsevalikule otsustavat mõju<ref>''Biographische Notizen'', 3, Haeckel Papers, Haeckel-Haus, Jena.</ref>. TaPärast kooli lõpetamist läks edasiHaeckel 1852 [[Berliini ülikool]]i arstiteadust õppima, meditsiinikuid Berliinisläks samal aastal isa pealekäimisel üle [[Würzburgi ülikool]]i, kus õpetasid kuulsad professorid [[Albert von Kölliker]], [[Franz von Leydig]] ja Würzburgis[[Rudolf Virchow]]. Seal võttis tema professor, füsioloog ja anatomistanatoom Johannes Müller ta kaasa ekspeditsioonile, et vaadelda väikesi mereelukaid Põhjameres. Sellised kogemused tõstatasid Haeckeli huvi zooloogia vastu, kuid ta sai doktorikraadi meditsiinis Berliinis nagu tema perekond oli seda soovinud 1857. aastal. <ref name=":1">Grigg, R. ''Ernst Haeckel. Evangelist for evolution and apostle of deceit''. Kasutatud 06.06.2016 http://creation.com/ernst-haeckel-evangelist-for-evolution-and-apostle-of-deceit</ref> Haeckel astus sisse Jena ülikooli, kus teda juhendas Karl Gegenbaur ning kus ta sai ka doktorikraadi zooloogias. Haeckel tundis ka suurt huvi embrüoloogia vastu. Arsti elukutse ei tundunud Haeckelile enam meeltmööda, kui ta patsientidega tegelema hakkas. <ref name=":0" />
