RNA polümeraas: erinevus redaktsioonide vahel

Eemaldatud sisu Lisatud sisu
JLuige (arutelu | kaastöö)
JLuige (arutelu | kaastöö)
20. rida:
RNA polümeraas II osaleb kõigi valke kodeerivate geenide transkriptsioonis. Transkriptideks on eel-mRNA, eel-miRNA ja muud struktuursed ja regulatoorsed RNA-d. RNA polümeraas II on 12-subühikuline. Ensüümkompleks on jagatav neljaks mobiilseks elemendiks – südamik (''core''), klamber (''clamp''), lõug (''jaw lobe'') ja riiul (''shelf''). Südamiku moodustavad subühikud on ühised kõigil rakulistel polümeraasidel. Ensüümi keskel paikneb lõhe, mille kaudu siseneb aktiivtsentrisse DNA. Klambri ülesanne on avada ja sulgeda lõhe. Riiuli ka lõua elemendid ei liigu suurel määral, aga saavad pöörelda paralleelselt aktiivtsentriga.<ref name="Meyer, 2009">Meyer PA, Ye P, Suh M-H, Zhang M, Fu J. Structure of the 12-Subunit RNA Polymerase II Refined with the Aid of Anomalous Diffraction Data. The Journal of Biological Chemistry. 2009;284(19):12933-12939. doi:10.1074/jbc.M809199200.</ref>
 
Pol II suurima subühiku Rpb1 [[C-terminus]] (C-terminaalne domeen ehk '''CTD''') koosneb YSPTSPS kordusest. Sõltuvalt organismist võib neid seitsme [[aminohapped|aminohappe]] kordusi olla 25-5225–52 (inimeses 52, pagaripärmis 26). CTD on platvormiks, kuhu seonduvad faktorid, mis vahendavad transkriptsiooni initsiatsiooni, elongatsiooni ja terminatsiooni. Lisaks interakteeruvad CTD-ga ka need valgud, mis teostavad posttranskriptsioonilist [[Informatsiooni-RNA|mRNA]] protsessimist. CTD korduvates motiivides saab fosforüleerida Ser2, Ser5, Ser7 või Thr4. Tekkinud modifikatsioonimuster on indikaatoriks seonduvatele faktoritele. Defosforüleeritud CTD on vajalik preinitsiatsioonikompleksi (PIC) moodustumiseks. Tranksriptsiooni initsieerimiseks tuleb fosforüleerida Ser5. <ref name="Hahn, 2004">Hahn, S. (2004). Structure and mechanism of the RNA polymerase II transcription machinery. Nature Structural & Molecular Biology, 11(5), 394–403. http://doi.org/10.1038/nsmb763</ref><ref>Hsin, J., & Manley, J. L. (2012). The RNA polymerase II CTD coordinates transcription and RNA processing. Genes and Development, 2119–2137. http://doi.org/10.1101/gad.200303.112.Transcription</ref>
 
[[Mediaator]] on suur valkkompleks, mis on transkriptsiooni toimumiseks sama oluline kui transkriptsioonifaktorid ja Pol II. Mediaatori kohaloluta transkriptsiooni ei initsieerita. Mediaator seondub Pol II ja tranksriptsioonifaktoritega. Seondumine stabiliseerib preinitsiatsioonikompleksi moodustumist ja kompleksi säilimist läbi mitme transkriptsioonitsükli. Mediaator mõju võib olla nii transkriptsiooni aktiveeriv kui inhibeeriv.