Aastal 1462 viis vaidlus uue Mainzi[[Mainz]]i peapiiskopi valimise üle [[Karl I (Baden)|Karl I]] (valitses 1453–1475) sõtta [[Reini pfaltskrahv]]i [[Friedrich I (Pfalz)|Reini pfaltskrahvi Friedrich I]] vastu. Tuntud kui "Mainzi peapiiskopi vaenus", oli see lühike, kestis ainult mõned kuud, kuid selle mõju oli kaotajale – Karlile – laastav. Ta pidi loovutama mitmeid territooriume [[Pfalzi kuurvürstkond|Pfalzile]] ja selle liitlastele. Need territooriumid tõi tagasi tema poeg ja järglane [[Christoph I (Baden)|Christoph I]] (valitses 1475–1515). Aastal 1503 suri Baden-Sausenbergi sugu välja ja kõik Badeni maad ühendati Christophi poolt. Ta püüdis hoida neid ühendatuna ühele oma poegadest, [[Philipp I (Baden)|Philipp]]ile, kuid tema pingutused nurjas Prantsuse kuningas. Enne oma surma jagas Christoph markkrahvkonna oma kolme poja vahel. Philipp järgnes talle aastal 1515, kuid suri lastetuna aastal 1533 ja tema osa läks tema vendadele [[Bernhard III (Baden-Baden)|Bernhard]]ile ja [[Ernst (Baden-Durlach)|Ernst]]ile. Aastal 1535 jagasid nad oma pärandi. See oli esimene mitmest jagamisest, mis rajas Badenis kaks põhiliini – [[Baden-BadenBadeni markkrahvkond]] ja [[Baden-DurlachDurlachi markkrahvkond]] (aastani 1565 Baden-Pforzheim) – mis kestis aastani 1771. Siiski ei olnud suhted kahe liini vahel rahumeelsed ja püsiv killustatus ei aidanud.
Reformatsiooni[[Reformatsioon]]i ajal jäid harud, mida juhtis Baden-Baden, [[Katoliku kirik|katoliiklaste]] poolele, teised ühinesid koos Baden-Durlachiga [[protestantism|protestantide]] poolega. [[Kolmekümneaastane sõda]] tegi asja kõigile harudele hullemaks. Paljud neist läksid maapakku. Baden kannatas sõja ajal märgatavalt. 1648. aasta [[Vestfaali rahu]] taastas harud ja nende kirikud nende maadel. Tasapisi rivaalitsemine taandus. [[Prantsusmaa kuningriik|Prantsusmaa kuningriigi]] "Päikesekuninga" [[Louis XIV]] sõdades laastati kaks markkrahvkonda Prantsuse vägede poolt. [[Saksa-Rooma riik|Saksa-Rooma riigi]] väed, mida juhtis Baden-Badeni markkrahv [[Ludwig Wilhelm (Baden-Baden)|"Türgi" Louis]] (valitses 1677–1707), võitlesid Prantsusmaa kuningriigi vastu.
