Elektropihustusionisastiooni allikas töötab atmosfääri rõhul. Analüüsitav [[lahus]], voolab (kiirusega 1 – 101–10 µl/min) läbi peenikese metallkapillaari, mille otsale on rakendatud kõrge pinge (tüüpiliselt 2-5 kV).<ref name="QAoMS">Irma Lavagnini, Franco Magno, Roberta Seraglia, Pietro Traldi. ''Quantitative Applications of Mass Spectrometry.2006</ref> Sageli lisatakse analüüsitavale lahusele lenduvaid [[hape|happeid]], [[alus]]eid või puhvreid, mis aitavad [[analüüt|analüüdi]] molekuli ioniseerida ([[protoneerimine|protoneerida]] või [[deprotoneerimine|deprotoneerida]]). [[Analüüt]] esineb lahuses seega teatud määrani [[ioon]]idena, kas positiivsena ehk [[katioon]]ina või negatiivsena ehk [[anioon]]ina. Vastavalt metallkapillaarile rakendatud elektrivälja suunale, koonduvad kapillaari otsas olevasse vedelikutilka kas positiivsed või negatiivsed ioonid. Laengute [[elektrostaatiline vastasmõju|elektrostaatiline tõukumine]] tilga pinnal tingib vedelikutilga kuju muutuse – moodustub nn. Taylori koonus. <ref>K.Downard. ''Mass spectrometry.A Foundation Course.2004</ref> Kui laengute elektrostaatiline tõukejõud on nii suur, et see ületab vedelikukoonust kooshoidva [[pindpinevus]]e siis eralduvad vedelikukoonuse tipust omakorda väiksemad elektriliselt laetud tilgad, mis sisaldavad [[solvent]]i ja laengukandjaid. Seda protsessi nimetatakse [[kulon]]iliseks plahvatuseks, mida põhjustab laenguga molekulide omavahelised kulonilised tõukejõud. Selleks, et saada lahti üleliigsest [[solvent|solvendist]], juhitakse massispektromeetria (MS) poolt vastu kuumutatud [[inertgaas]]i, milleks kasutatakse enamasti [[lämmastik]]u (N<sub>2</sub>). Selle tulemusena solvent aurustub tilga pinnalt, ning tilga [[ruumala]] väheneb, samal ajal suureneb aga laengutihedus tilgas, mis viib teatud kriitilise [[tihedus]]e juures uue kulonilise plahvatuseni. Sellise plahvatustekaskaadi tulemuseks on lõpuks solvendivabad ioonid, mis suunatakse elektrivälja abil massianalüsaatori poole, mis sorteerib ja eraldab [[ioon]]e nende massi ja laengu suhte järgi (m/z – ''mass to charge ratio''). <ref>http://www.mcponline.org/content/10/7/M111.009407.full#ref-4</ref>
Elektropihustusionisatsiooni korral eristatakse kahte režiimi: positiivne, kus positiivsed ioonid kogunevad vedeliku pinnal ning negatiivsed ioonid on tõmmatud vedeliku sisse, ja negatiivse korral vastupidi. <ref name="QAoMS"/>.
