Päts vahistati nädal aega hiljem, [[30. juuli]]l oma [[Kloostrimetsa talu]]s ja saadeti administratiivasumisele koos perega Nõukogude Liitu. Kuni [[26. juuni]]ni [[1941]] oli ta koos perekonnaga [[Baškiiria]]s, [[Ufaa]]s [[vabakäiguvang]], pärast seda 1942. aasta lõpus [[Kirov]]is, riikliku julgeolekuvalitsuse vanglas, üksikkongis. Ametliku nõukogude versiooni kohaselt etapeeriti ta 1942. aasta novembris ta koos poja Viktoriga [[Vitebsk]]isse. 1943. aastast viibis ta [[Peterhof]]is, kuid need alad olid sellel ajal okupeeritud saksa vägede poolt ning tõenäoliselt viibis ta selle ajal kinnipidamisasutustes Kirovis. Alles 29. aprill 1952. aastal saadeti ta [[NSV Liidu Riikliku Julgeoleku Ministeerium]]i [[Erinõupidamine|Erinõupidamise]] otsusega sundravile ja hoiti kinni Kaasani vanglahaiglas. 15. november 1954 peale Erinõupidamise otsuse läbivaatamist otsus tühistati ning 8. detsembril vabastati [[sundravi]]lt. [[18. detsember|18. detsembrist]] kuni [[29. detsember|29. detsembrini]] [[1954]] viibis Päts [[Jämejala vaimuhaigla]]s, kust ta aga liiga suure tähelepanu ning Eesti elanike külastamiste tõttu kiiresti, Eesti NSV tervishoiuministri V. Pobuse korraldusel [[Kalinini oblast]]i Buraševo psühhiaatriahaiglasse viidi. K. Pätsi isiku varjamiseks kasutati meditsiinidokumentides tema nime "Johannes Augusti poeg Päts". K. Päts viibis Doktor Litvinovi nimelises Kalinini Psühhoneuroloogiahaiglas<ref>[[Kuulo Kutsar]], Presidendi elu viimane lehekülg, [[Vikerkaar]], 1990/3 lk 47-44</ref> [[1. jaanuar]]ist [[1955]]. aastast kuni [[18. jaanuar]]ini [[1956]], mil ta seal suri.
