TaJohan Skytte abiellus 5. jaanuaril 1605 [[šotlased|šoti päritolu]] Marby ja Älvsjö vabapreili Maria Näfiga (surnud 1649), kelle vanemateks olid [[Västmanland]]i, [[Dalarna maakond|Dalarna]] ja [[Bergslagen]]i asehaldur ning [[palgasõdur]] [[Jacob Näf]] (surnud 1598) ja Carin Kampe.<ref>Kongl. [[Svea õuekohus|Svea Hofrätts]] Presidenter samt Embets- och Tjenstemän 1614–1898. Biografiska anteckningar samlade och utgifna af [[Anton Frans Karl Anjou|A. Anjou]], [[Eksjö]]: Eksjö Tryckeri-Aktiebolag, 1899, [http://www.archive.org/stream/konglsveahofrtt00anjogoog#page/n53/mode/1up lk.29]</ref>
Abielust sündisid pojad [[Bengt Skytte]] ja [[Jakob Skytte]] ning tütred [[Vendela Skytte|Vendela]] ja Anna.<ref>[[Frans Michael Franzén]]: Minne af Riks-Rådet Friherre Johan Skytte / Minnesteckningar öfver utmärkte svenske statsmän, hjeltar, lärde, konstnärer och skalder, [http://runeberg.org/fransmin/a0114.html lk.108]</ref> Bengt Skytte oli 1655–1656 Liivimaa sõjavägede saadik, Eestimaa kuberner ja Tallinna asehaldur, Jakob Skytte aga Tartu Ülikooli (Academia Gustaviana) üliõpilane ja 1632–1633 ka esimene [[Tartu Ülikooli rektor|rektor]] (''rector illustris''). Vendela Skytte oli tuntud kirjanik, keda peeti Rootsi harituimaks naiseks enne kuninganna [[Kristiina]]t.
TemaJohani vend [[Lars Bengtsson Skytte|Lars Skytte]] oli [[Nyköping]]i linnapea ning hiljem [[Stockholmi loss|Stockholmi]] ja [[Uppsala loss|Uppsala]] lossi asehaldur.<ref>Matrikel öfwer Swea rikes ridderskap och adel ..., 1754, [http://books.google.ee/books?id=YLkDAAAAYAAJ&hl=en&pg=RA1-PA279#v=onepage&q=&f=false lk.279–280]</ref>
