* Mitokondri kõige üldisemaks ja esmasemaks funktsiooniks on [[Energia tootmine|energia tootmine]]. Metabolismireaktsioonidest olulisemad on esiteks # Esiteks mitokondri maatriksis toimuv püruvaadi ja rasvhapete oksüdatsioon süsihappegaasini, millega kaasneb [[NADH]] ja [[FADH2|FADH<sub>2</sub>]] teke.
*# Teiseks [[elektron]]ide transport [[NADPH]]-lt ja FADH<sub>2</sub>-lt hapnikule, mis toimub mitokondrite sisemembraanis ja millega kaasneb prootonite kontsentratsiooni erinevuse teke kahel pool mitokondri sisemembraani.
*# Kolmandaks [[ATP süntees]], mis toimub mitokondrite sisemembraanis paikneva ATP süntaasi vahendusel prootonite kontsentratsiooni gradiendi ärakasutamisel. Ka [[püruvaadi dehüdrogenaasi kompleks]] asub mitokondri maatriksis. Lisaks energia tootmisele säilitavad mitokondrid [[Ca|kaltsiumi]], osalevad rakkudevahelises signalisatsioonis, toodavad soojust, osalevad raku kasvamises, kuid samas ka raku kärbumise, [[nekroos]]i ja loomuliku, programmeeritud surma [[apoptoos]]i vallandamises.
===Püruvaadi dehüdrogenaasikompleks ja tsitraaditsükkel===
