Maaülikooli keskseks uurimisvaldkonnaks on eesti ökosüsteemideökosüsteemid — nende funktsioneerimine ja majandamine, koosseis, kujundamine ja kaitse. Maaülikool on Eesti peamiseks uurimisasutuseks mahemajanduse alal. Tähtsateks õppe- ja teadustöö suundadeks on [[agroökosüsteem]]ide ökoloogia ja majandamine, [[metsandus]], Eesti elukooslused ([[Eesti taimestik]] ja [[Eesti loomastik]]), [[maamajandus]] ja ökonoomika, [[veterinaaria]], [[loodusturism]], maamajandustehnika ja [[mahetehnoloogiad]] jm.
