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!Punktid
|-
| 1. || '''[[FC Flora]]''' || 2122 || 9 || 587623 || 403429 || 107110 || 7784 || 15761664:475502 || 13161397
|-
| 2. || '''[[JKFC Narva TransLevadia]]''' || 2114 || 07 || 587441 || 297335 || 11483 || 16638 || 12221267:721318 || 10251084
|-
| 3. || '''[[FCJK LevadiaNarva Trans]]''' || 1322 || 70 || 405623 || 310313 || 75121 || 35179 || 11821274:296765 || 10011080
|-
| 4. || [[FC TVMK]] || 15 || 1 || 411 || 226 || 77 || 108 || 972:486 || 755
| 5. || [[JK Viljandi Tulevik]] || 16 || 0 || 455 || 140 || 86 || 229 || 593:835 || 506
|-
| 6. || '''[[JK SillamäeNõmme KalevKalju]]''' || 75 || 01 || 199180 || 80102 || 2336 || 9642 || 331277:413193 || 263342
|-
| 7. || '''[[FCJK LantanaSillamäe Kalev]]''' || 68 || 20 || 138235 || 7395 || 3433 || 31107 || 275382:162456 || 253318
|-
| 8. || '''[[JKFC Nõmme KaljuLantana]]''' || 46 || 02 || 144138 || 73 || 3134 || 4031 || 171275:176162 || 250253
|-
| 9. || [[JK Tallinna Sadam]] || 6 || 0 || 132 || 67 || 19 || 46 || 271:168 || 220
|-
| 10. || '''[[JK Eesti PõlevkiviTammeka]]''' || 96 || 0 || 165216 || 5053 || 4336 || 72127 || 231261:283451 || 193195
|-
| 11. || '''[[JK TammekaEesti Põlevkivi]]''' || 59 || 0 || 180165 || 4950 || 2843 || 10372 || 231:372283 || 175193
|-
| 12. || '''[[FC NormaKuressaare]]''' || 49 || 20 || 81300 || 5246 || 738 || 22216 || 237231:113833 || 163176
|-
| 13. || [[JKFC Maag|Tartu Merkuur/JK MaagNorma]] || 64 || 02 || 15581 || 4152 || 297 || 8522 || 206237:407113 || 152163
|-
| 14. || '''[[FCJK KuressaareMaag|Tartu Merkuur/JK Maag]]''' || 86 || 0 || 264155 || 41 || 2729 || 19685 || 200206:753407 || 150152
|-
| 15. || '''[[KSKPaide Vigri|Vigri/FC TevalteLinnameeskond]]''' || 34 || 0 || 57144 || 3236 || 1126 || 1482 || 156125:72279 || 107134
|-
| 16. || [[KSK Vigri|Vigri/FC NikolTevalte]] || 23 || 0 || 4457 || 3032 || 611 || 814 || 107156:3672 || 96107
|-
| 17. || '''[[JK MaagTallinna TammekaKalev]]''' || 24 || 0 || 72144 || 27 || 1225 || 3392 || 99140:116323 || 93106
|-
| 18. || '''[[PaideFC LinnameeskondNikol]]''' || 32 || 0 || 10844 || 2530 || 176 || 668 || 91107:22736 || 9296
|-
| 19. || [[JK TallinnaMaag KalevTammeka]] || 32 || 0 || 10872 || 2327 || 1612 || 6933 || 11399:236116 || 8593
|-
| 20. || [[Kohtla-Järve FC Lootus]] || 5 || 0 || 148 || 22 || 19 || 107 || 104:394 || 85
| 26. || [[FC DAG|Tartu Kalev/EsDAG/FC DAG]] || 4 || 0 || 71 || 16 || 11 || 44 || 91:213 || 59
|-
| 27. || '''[[Kohtla-JärveFC KeemikViljandi]]''' || 2 || 0 || 3372 || 1114 || 714 || 1544 || 4570:73157 || 4056
|-
| 28. || [[JKKohtla-Järve Pärnu TervisKeemik]] || 2 || 0 || 4633 || 11 || 57 || 3015 || 5045:10473 || 3840
|-
| 29. || '''[[LasnamäeJK FCPärnu AjaxTervis]]''' || 32 || 0 || 10846 || 711 || 135 || 8830 || 6050:449104 || 3438
|-
| 30. || '''[[Lasnamäe FC ViljandiAjax]]''' || 13 || 0 || 36108 || 87 || 613 || 2288 || 3760:69449 || 3034
|-
| 31. || [[Pärnu JK]] || 3 || 0 || 41 || 5 || 6 || 30 || 40:130 || 21
| 34. || [[FK Maardu]] || 1 || 0 || 11 || 0 || 0 || 11 || 7:64 || 0
|-
|colspan="10" style="text-align:left"|<small>M - mänge; "+" - võidud; "=" - viigid; "–" - kaotused<br>1 - kogupunktide arvestamisel on antud kolm punkti võidu eest<br>Lõppenud hooaja klubid on '''rasvases kirjas'''<br>Uuendatud pärast [[Meistriliiga 20112012|hooaja 20112012]] põhiturniiri lõppu.</small>
|}
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