Esimesed teadaolevad andmed mükoriisast Maa ajaloos pärinevad 400 miljoni aasta vanuse taime [[Kivistis|fossiili]] rakkudest. [[Devon|Devoni]] ajastust pärinevatest taimeliigi ''Aglaophyton major'' (Edwards, D.S. 1986) risoomi rakkudest on leitud arbuskulaarsele mükoriisale iseloomulikud seenehüüfide põõsasjalt harunevad teisendid —– arbuskulid <ref> Remy, W.; Taylor, T.N.; Hass, H. & Kerp, H. (1994) Four hundred million year old vesicularoearbuscular mycorrhizae. Proc. Natl. Acad. Sci. 91: 11841-11843. </ref><ref> Taylor, T.N.; Remy, W.; Hass, H. & Kerp, H. (1995) Fossil arbuscular mycorrhizae from the Early Devonian. Mycologia 87(4): 560-573. </ref>. Samuti on tõestatud taimeperekonna ''Antracticycas'' [[Triias|triiasest]] pärinevates fossiilides arbuskulaarse mükoriisa esinemine. <ref> Phipps, C.J.; & Taylor, T.N. (1996) Mixed arbuscular mycorrhizae from the Triassic of Antarctica. Mycologia 88(5): 707-714. </ref>
Molekulaarsed uuringud näitavad, et ektomükoriisne sümbioos on seente (hõimkondades ''Basidiomycota'' —– [[kandseened]], ''Asomycota'' —– [[kottseened]] ja ''Zygomycota'' —– [[ikkesseened]]) evolutsiooni käigus iseseisvalt tekkinud 66 korda <ref> Hibbett, D.S.; Gilbert, L.-B.; Donoghue, M.J. (2000) Evolutionary instability of ectomycorrhizal symbioses in basidiomycetes. Nature 407:506-508. </ref>. Esimesed fossiilsed leiud ektomükoriisast pärinevad 50 miljoni aasta tagusest ajast. <ref> LePage, B.A.; Currah, R.S.; Stockey, R.A.; Rothwell, G.W. (1997) Fossil ectomycorrhizae from the middle Eocene. Am J Bot 84:410-412. </ref>
Kuna aga mükoriisa on eluvorm, mis on mikroskoopilise suurusega, koosneb pehmetest kudedest ja on ajutise iseloomuga, siis ta fossiliseerumise tõenäosus on väga väike. See on põhjuseks, miks paleontoloogilised andmed on minimaalsed.
