Wikimedia Eesti kanda on erinevate koostööprojektide ellukutsumine, võistluste ning aktsioonide läbiviimine, loengute korraldamine jms. MTÜ ei tegele aga artiklite kirjutamise ja Vikipeedia sisu haldamisega.
2012. aasta algul kaebas MTÜ Wikimedia Eesti on otsustanud Maksu- ja Tolliameti kohtusse kaevata, kuna selle asutuse uus ja varasemast kitsam tõlgendus heategevuse mõiste sisuletõlgendus ähvardabähvardas MTÜ Wikimedia Eesti tulumaksuvabastusest ilma jätta.<ref name="kohtusse">[http://www.postimees.ee/696356/vikipeedia-kaebab-maksu-ja-tolliameti-kohtusse/ "Vikipeedia kaebab maksu- ja tolliameti kohtusse"] Postimees 09.01.2012 (vaadatud 9. jaanuaril 2012)</ref> Otse enne 27. märtsil 2012 toimuma pidanud kohtuistungit tühistas Maksuamet oma sellekohase otsuse ning kandis Wikimedia Eesti maksuvabastusega MTÜ-de nimekirja tagasiulatuvalt, alates 1. jaanuarist 2012{{lisa viide}}.
