Polümeraasi ahelreaktsioon: erinevus redaktsioonide vahel

Kui praimerid on amplifitseeritava DNA järjestuse kahelt poolt kindlaks teinud ja piiranud, sünteesib termostabiilne DNA polümeraas praimerite 3’ otsast alates mõlemale DNA üksikahela fragmendile komplementaarse fragmendi, kasutades selleks segusse lisatud nukleotiide. Protseduur toimub 72°C juures ning selleks kasutatakse termostabiilset Taq polümeraasi.<ref> name="b<"/ref>

DNA sünteesi kiiruseks arvestatakse PCR programmis keskmiselt 1000 aluspaari minutis. Teise PCR tsükliga tekib kaks DNA molekuli, mille ühes otsas on märklaudjärjestuse pikkused ja teises otsas 3 üleulatuvat üksikahelalist ala. PCR kolmandas tsüklis tekib DNA fragmente, mis sisaldavad ainult märklaudjärjestusi. Selliste DNA fragmentide osakaal hakkab järgnevate tsüklite jooksul eksponentsiaalselt kasvama, jõudes 30 tsükli järel 1 073 741 766 DNA molekulini. Pikemate PCR fragmentide hulk on 30 tsükli lõppedes vaid 60 molekuli. See arvutuskäik on teoreetiline ja kehtib vaid juhul, kui PCR reaktsioon on alustatud ühe DNA molekuliga ja kui DNA polümeraasi reaktsioon iga PCR tsükli jooksul on täielikult toimunud.

Puuduseks on esiteks vajadus teada DNA täpseid järjestusi, mille alusel sünteesida praimerid. Lisaks ka asjaolu, et piirkonnad on lühikesed, mistõttu näiteks isikute tuvastamisel või isadustestis on juhuslik kokkulangevus tõenäolisem. DNA sünteesimise käigus võib tekkida ka vigu, sest ei ole vajalikke kontrollmehhanisme, mis eksisteerivad loodusliku replikatsiooni puhul.<ref> name="c<"/ref>

PCR aitab identifitseerida kultiveerimatuid või aeglaselt kasvavaid mikroorganisme nagu näiteks mükobaktereid või anaeroobseid baktereid, keda on laboritingimustes keeruline kasvatada.<ref> name="d<"/ref>